结论前置：公司未使用公户发工资是否违法，需根据具体情况判断。若企业基于合理原因并依法依规操作，则不违法；若存在逃避税务监管、社保缴纳等违法行为，则属于违法。
一、合法情形
在以下情况下，公司使用非公户（如私户）发工资是合法的：
依法代扣代缴个税：无论通过公户还是非公户发放工资，公司都必须按照个人所得税法的规定，准确计算员工应缴纳的个人所得税，并履行代扣代缴义务。这要求公司每月根据员工的工资收入、扣除项目等计算出应纳税额，并从工资中扣除后按时向税务机关申报缴纳。
工资如实入账：公司需将通过非公户发放的工资如实记录在财务账目中，遵循相关的会计准则和财务制度。这包括在会计凭证中详细记录每一笔非公户发放工资的情况，如发放时间、金额、员工姓名等，以确保财务信息的真实性和透明度。
不存在逃避监管目的：使用非公户发工资不是为了逃避税务监管、社保缴纳或其他法定义务。例如，因公户临时冻结等特殊原因，经与员工协商一致后，短期内使用非公户发放工资，且后续及时恢复公户发放，并正常履行各项义务，这种情况通常是被允许的。
签订正式劳动合同：公司与员工之间必须签订正式的劳动合同，并按照合同约定支付工资。这是确保双方权益的基础。
保留支付记录和凭证：公司以非公户发放工资时，必须保留相关的支付记录和凭证，以备相关部门进行核查。
二、违法情形
在以下情况下，公司使用非公户发工资是违法的：
逃避缴纳税款：通过非公户发工资故意隐瞒员工的真实工资收入，降低计税依据，从而少缴纳个人所得税和企业所得税。这种行为违反了税收法律法规，税务机关有权依法追缴税款，并对公司处以罚款、加收滞纳金等处罚。
规避社保缴费：公司为了降低社保成本，通过非公户发放部分工资，使社保缴费基数降低。这种行为侵害了员工的社保权益，劳动监察部门可以责令公司限期改正，补缴社保费用，并可能对公司进行罚款。
侵害员工权益：使用非公户发工资可能导致员工的工资收入缺乏有效的证据证明，在发生劳动纠纷时，员工难以维护自己的合法权益。此外，如果公司不按照劳动合同约定的时间和金额支付工资，也违反了《劳动合同法》的相关规定，员工可以要求公司承担相应的法律责任。
三、法律建议
遵守法律法规：公司在支付员工工资时，应严格遵守相关的法律法规和税务规定，确保合法合规。建议公司优先使用公户发放工资，以降低法律风险。
维护员工权益：公司应尊重并维护员工的合法权益，包括签订正式劳动合同、按时足额支付工资、依法缴纳社保等。这是建立和谐劳动关系的基础。
及时咨询与整改：如果公司因特殊原因需要使用非公户发放工资，应及时与员工沟通并说明情况，同时确保依法依规操作。如有任何疑问或纠纷，应及时向我咨询，以避免潜在的法律风险。
总之，公司未使用公户发工资是否违法，取决于具体操作是否符合相关法律法规和税务规定。公司应确保自身行为的合法合规性，以维护公司和员工的共同利益。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。