结论：没有合同原件，并不意味着不能直接申请劳动仲裁确认劳动关系，但需要提供其他证据来证明劳动关系的存在。

详细分析：

1. 合同原件缺失的情况：

   • 在实际劳动纠纷中，合同原件的缺失是一个常见问题。这可能是由于合同丢失、未签订书面合同或用人单位拒绝提供等原因造成的。
   • 合同原件虽然是证明劳动关系的重要证据，但并非唯一证据。根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，劳动者可以通过提供其他证据来证明劳动关系的存在。

2. 可提供的替代证据：

   • 工资支付记录：如银行转账记录、工资条等，可以证明用人单位向劳动者支付了工资，从而间接证明劳动关系的存在。
   • 工作证、服务证等：这些证件上通常印有用人单位的名称和劳动者的姓名，可以作为证明劳动关系的直接证据。
   • 招工招聘登记表、报名表等招用记录：这些记录通常由用人单位保存，可以证明劳动者曾被用人单位招用。
   • 考勤记录：如打卡记录、考勤表等，可以证明劳动者在用人单位的工作时间和出勤情况。
   • 其他劳动者的证言：如果其他劳动者愿意作证，他们的证言也可以作为证明劳动关系的证据。

3. 申请劳动仲裁的流程：

   • 准备证据：在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集上述替代证据，以证明劳动关系的存在。
   • 提交仲裁申请：劳动者应向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
   • 参加仲裁庭审：在仲裁庭审过程中，劳动者应如实陈述事实，提供证据，并接受仲裁员的询问和调查。
   • 等待仲裁结果：仲裁委员会将在受理仲裁申请后的一定期限内作出裁决，劳动者应耐心等待并遵守裁决结果。

4. 可能面临的挑战与应对：

   • 证据不足：如果劳动者提供的证据不足以证明劳动关系的存在，仲裁委员会可能会驳回其仲裁申请。因此，劳动者在申请仲裁前应尽可能收集充分的证据。
   • 用人单位否认劳动关系：在仲裁庭审过程中，用人单位可能会否认与劳动者存在劳动关系。此时，劳动者应坚持自己的主张，并提供充分的证据来支持自己的观点。
   • 仲裁结果不利：如果仲裁结果对劳动者不利，劳动者可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

建议：

• 在没有合同原件的情况下，劳动者应积极收集其他证据来证明劳动关系的存在。
• 如果劳动者对申请劳动仲裁的流程或证据收集有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。
• 在申请劳动仲裁前，劳动者应了解自己的权益和义务，以便在仲裁过程中更好地维护自己的合法权益。