关于“社保缴纳基数确认书是否合法”的问题，这主要取决于该确认书的内容是否符合相关法律法规的规定。

首先，我们需要明确的是，社保缴纳基数并非可以随意协商确定的。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，并按时足额缴纳社会保险费。这里的“足额”指的是缴费基数应与职工的实际工资收入相对应，而不是由用人单位和劳动者自行协商确定。

社保缴纳基数的确定，通常是根据职工上一个自然年度的月平均工资性收入来计算的。这一规定确保了社保缴纳的公平性和合理性，也保障了职工在养老、医疗、失业、工伤等方面的长远权益。

现在，我们回到问题本身。如果“社保缴纳基数确认书”中的内容是用人单位和劳动者在遵循相关法律法规的前提下，根据职工的实际工资收入来确定的缴费基数，并且双方都对此表示认可，那么这样的确认书是合法的。它体现了双方对社保缴纳基数的共同确认，也符合法律法规的要求。

然而，如果“社保缴纳基数确认书”中的内容是用人单位和劳动者通过协商，以低于职工实际工资的标准来确定社保缴费基数，或者试图通过其他方式规避足额缴纳社保的责任，那么这样的确认书就是不合法的。它违反了相关法律法规的规定，也损害了职工的长远权益。

此外，我还想强调的是，社会保险是国家为公民提供的基本风险保障制度，其严肃性和强制性不容挑战。用人单位和劳动者都应该依法履行自己的义务，确保社保的足额缴纳。对于用人单位而言，依法足额参保缴费是无可推卸的法律责任与社会责任；对于劳动者而言，也应该依法维护自己的参保权益，对不合法的“协商”保持警惕。

综上所述，“社保缴纳基数确认书”的合法性取决于其内容是否符合相关法律法规的规定。如果双方在遵循法律法规的前提下共同确认了缴费基数，并且都对此表示认可，那么这样的确认书就是合法的；否则，就是不合法的。