公司让员工签订以最低基数缴纳社保的协议或要求，通常是不合法的。以下从不同角度进行分析：

1. 法律规定层面
   根据《社会保险法》第十二条、第六十条等条款，用人单位应当按照职工实际工资总额作为缴费基数缴纳社保，不得自行调整缴费基数。若公司强制要求员工按最低基数缴纳，属于未依法足额缴纳社会保险费的违法行为，可能面临社保部门责令补缴、滞纳金甚至罚款等行政处罚。

2. 协议效力层面
   即使员工签署了“自愿按最低基数缴纳社保”的书面协议，该协议因违反法律强制性规定而无效。司法实践中，法院或仲裁机构会直接认定此类协议无效，并要求公司按实际工资补缴社保差额。

3. 员工权益保护层面
   若公司存在此类行为，员工可通过以下途径维权：

   • 向当地社保部门投诉，要求公司补缴社保差额；
     
   • 以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同，并主张经济补偿金（需注意部分地区要求员工先向社保部门投诉未果后才能主张补偿）；
     
   • 若因社保基数不足导致医保报销、养老金减少等损失，可要求公司赔偿。

4. 特殊情形说明
   若员工实际工资低于当地社保缴费基数下限（如试用期工资、部分低收入岗位），则公司可按最低基数缴纳，此时不违法。但若员工工资高于下限，公司仍按最低基数缴纳，则构成违法。

建议：若您遇到此类情况，可先与公司协商补缴；协商不成可向社保部门投诉或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。