公司按最低基数缴纳社保是不合法的。

社保缴纳基数应为职工上年度平均工资。具体来说，如果职工工资低于当地社会平均工资的60%，则按社平的60%缴纳；如果高于当地社会平均工资的300%，则按社平的300%缴纳。因此，公司不能简单地按最低基数来缴纳社保，而应该根据员工的实际工资水平来确定缴费基数。

此外，如果公司未足额缴纳社保，员工是有权要求补偿的。在部分地区，如深圳和天津，如果社保缴纳基数低于员工上年度平均工资，员工可以以“未足额缴纳社保”为由提出被迫辞职，并要求公司支付经济补偿金。因此，对公司而言，按最低基数缴纳社保不仅不能降低成本，反而可能增加额外的成本风险。

综上所述，公司应该按照员工的实际工资水平来缴纳社保，以确保合规并避免潜在的法律风险。如果您发现公司存在按最低基数缴纳社保的情况，建议及时与公司沟通并寻求合法的解决方案。