结论：公寓签的个人合同一般不可以直接开公司抬头报销，但存在特殊情况可能允许。以下是具体情况分析：

1. 合同主体与发票抬头一致性原则
   根据《发票管理办法》及税务实践，发票抬头需与合同签订主体、付款方保持一致。若合同是以个人名义签订（如租房合同承租方为自然人），但要求开具公司抬头发票，可能因“三流不一致”（合同流、资金流、发票流）被税务机关认定为虚开发票风险，导致公司无法正常入账报销。

2. 特殊情况下的合规操作

   • 公司实际承担费用：若公司确实为员工承担公寓租金（如高管宿舍、员工福利），需满足以下条件：
     
     1. 签订补充协议：个人与公寓方、公司三方签署协议，明确租金由公司支付并授权开具公司抬头发票；
        
     2. 资金流向合规：租金从公司账户直接支付给公寓方，避免个人代垫；
        
     3. 税务备案：部分地区需向税务机关备案该类安排，证明业务真实性。
        
   • 临时性报销：若个人先行垫付后公司报销，需提供：
     
     1. 公司内部审批流程（如差旅住宿申请单）；
        
     2. 付款凭证（如个人转账记录）；
        
     3. 发票与业务关联性证明（如出差行程单），但此类操作仍存在税务稽查风险，建议优先选择公司直接支付。

3. 税务风险警示

   • 若公司频繁以个人合同开具公司抬头发票，可能被认定为“变名虚开”，面临补税、罚款（0.5-5倍税款）甚至刑事责任（《刑法》第二百零五条）；
     
   • 个人可能因协助虚开发票被牵连，影响个人征信或承担连带责任。

建议行动步骤：

1. 优先以公司名义直接签订公寓租赁合同并开具发票；
   
2. 若已签订个人合同，立即与公寓方协商变更合同主体或补充三方协议；
   
3. 咨询主管税务机关确认当地政策（如部分自贸区对员工福利类支出有特殊规定）；
   
4. 完善公司内部报销制度，明确个人合同发票的审批禁令。
   

如有进一步细节（如公寓性质、公司行业等），可提供更多信息以便针对性分析。