结论：在施工合同中，若只有部分工程属于高空作业且施工单位无高空作业证，判决结果会因具体情况而异，但通常施工单位可能面临行政处罚、合同无效或部分无效的风险，并需承担相应的民事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、行政处罚角度
法律依据：
- 根据《中华人民共和国安全生产法》及相关规定，从事高空作业等危险作业的单位，必须取得相应的安全生产许可证或作业证书。若施工单位未取得高空作业证而进行高空作业，将违反相关法律法规。
处罚措施：
- 安全生产监督管理部门有权对违规施工单位进行行政处罚，包括但不限于罚款、责令停产停业整顿、吊销相关证照等。
二、合同效力角度
合同无效或部分无效：
- 若施工合同中明确约定了高空作业部分，且该部分属于合同的主要或关键内容，而施工单位未取得高空作业证，则可能因违反法律法规的强制性规定而导致该部分合同无效。
- 若高空作业部分并非合同的主要或关键内容，但施工单位未取得高空作业证仍可能构成违约，影响合同的全面履行，但不一定导致整个合同无效。
民事责任承担：
- 因施工单位无高空作业证导致的合同无效或部分无效，施工单位可能需承担返还财产、赔偿损失等民事责任。
- 若因施工单位无高空作业证导致工程出现质量问题或安全事故，施工单位还需承担相应的侵权责任。
三、实际案例与司法实践
案例参考：
- 在实际司法实践中，法院会根据具体案情，如高空作业部分在合同中的占比、施工单位未取得高空作业证对合同履行的影响程度等因素，综合判断合同的效力及施工单位的责任。
司法倾向：
- 法院通常倾向于保护合法合规的施工行为，对未取得相应资质而进行危险作业的施工单位给予严厉的制裁，以维护建筑市场的秩序和公共安全。
四、建议与措施
施工单位：
- 在承接工程前，应仔细审查合同内容，确保自身具备履行合同所需的所有资质和证书。
- 若合同中涉及高空作业等危险作业，应提前办理相关作业证书，避免违规操作带来的法律风险。
建设单位：
- 在签订施工合同时，应明确约定施工单位需具备的资质和证书要求。
- 在施工过程中，应加强对施工单位的监督和管理，确保施工单位按照合同约定和法律法规的要求进行施工。
进一步思考：在实际操作中，施工单位无高空作业证进行高空作业还可能涉及刑事责任问题，如因违规操作导致重大安全事故的，可能构成重大责任事故罪等刑事犯罪。因此，施工单位应严格遵守相关法律法规，确保施工安全。若您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。