单位给企业员工补交两年养老保险，但没有工资流水和申报个税记录，这种做法不合法。以下从多个角度进行分析：

1. 社会保险缴纳的法定要求
   根据《社会保险法》第六十条，用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社会保险费，且需提供与职工存在劳动关系的证明材料（如劳动合同、工资发放记录等）。工资流水是证明劳动关系存续期间工资发放情况的核心证据，个税申报记录则是税务部门确认收入合法性的依据。若单位无法提供这两类材料，可能被认定为未依法履行缴费义务。

2. 补缴养老保险的合法性要件
   补缴社保需满足两个条件：

   • 劳动关系存续：需通过劳动合同、考勤记录、工作证等材料证明员工与单位存在实际用工关系；
     
   • 工资基数合法：社保缴费基数应基于员工上年度月平均工资确定，若缺乏工资流水，单位可能随意填报缴费基数，损害员工权益（如影响养老金计算）。
     若单位仅补缴但未提供工资流水，社保部门可能拒绝受理或要求补充材料，甚至对单位进行行政处罚。

3. 税务合规风险
   根据《税收征收管理法》第六十三条，单位未申报个税可能构成偷税行为，需补缴税款、滞纳金，并面临罚款（最高为欠缴税款五倍）。若补缴社保但未同步处理个税问题，可能引发税务稽查，导致单位承担双重法律责任。

4. 员工权益保护建议

   • 对员工：若单位主动补缴社保，可要求单位提供工资流水或书面说明缴费基数计算依据；若单位拒绝，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求确认劳动关系并补缴社保。
     
   • 对单位：需立即整理劳动合同、考勤记录等材料，补申报个税并补缴税款，同时与员工协商补缴社保的合法方案，避免行政处罚和劳动纠纷。

总结：单位补缴社保必须以合法劳动关系和真实工资数据为基础，缺乏工资流水和个税记录可能导致补缴无效，并引发税务和劳动法律风险。建议单位与员工共同配合，完善材料后依法补缴。如有进一步疑问，可直接向我咨询。