核心结论：合同效力是否受影响需分情况讨论，关键在于补办手续的时间节点及是否存在其他违法情形，具体分析如下：

1. 补办手续完成于合同履行完毕前，且无其他违法情形
   若农用地未办理转用手续时签订的合同（如土地租赁、合作开发合同），在合同履行期间补办了非农用地转用审批手续，且合同内容不违反法律强制性规定（如未改变土地用途、未损害集体利益等），则合同效力通常不受影响。根据《民法典》第143条，合同具备民事法律行为有效要件（行为人具有相应能力、意思表示真实、不违法违规）即有效。补办手续可视为对合同履行条件的补正，司法实践中一般认可合同效力。

2. 补办手续完成于合同履行完毕后，或存在其他违法情形

   • 若合同履行完毕才补办手续：合同签订时因违反《土地管理法》第44条（未经批准不得将农用地转为建设用地）而存在效力瑕疵，可能被认定为“效力待定合同”。若补办手续后行政机关追认合法，合同效力可补正；但若补办前合同已履行完毕（如土地已建成房屋并投入使用），可能因“事前违法”面临行政处罚（如罚款、责令恢复原状），但合同本身不一定无效，需结合具体履行情况判断。
     
   • 若合同内容违法：如合同约定“永久改变农用地用途”或“规避审批程序”，即使后续补办手续，也可能因违反《民法典》第153条（违背公序良俗的合同无效）或《土地管理法》第77条（非法占地处罚）被认定无效。例如，合同双方通过虚假材料骗取审批，补办手续亦无法掩盖违法本质。

3. 特殊情形：未补办手续但符合“例外审批”条件
   根据《土地管理法》第44条，符合国土空间规划的农用地转用，可由省级政府或国务院批准。若合同签订时虽未办理手续，但后续补办时符合“例外审批”条件（如涉及国家重点项目、民生工程等），且合同内容合法，则合同效力通常不受影响。但需注意，此类情形需严格证明补办手续的合法性，否则仍可能面临效力风险。

实务建议：

• 签订涉及农用地合同前，务必确认土地性质及转用审批状态，避免“未批先签”；
  
• 若已签订合同但未办手续，应尽快补办审批，并保留补办过程中的政府文件、缴费凭证等证据；
  
• 若合同履行中遭遇行政处罚或效力争议，建议委托律师分析合同条款、补办手续的合法性及履行情况，制定应对策略。
  

如有具体合同或案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性分析。