关于企业员工休病假两个月如何扣工资的问题，这并非一个简单的全额扣除情况，而是需要依据国家法律法规、用人单位的具体规定以及员工的实际工作年限、医疗期等因素来综合确定。以下是一个详细且深入的解答：
一、法律依据与支付原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，职工在患病或非因工负伤治疗期间，企业在规定的医疗期内应按规定支付病假工资或疾病救济费。这一支付标准不得低于当地最低工资标准的80%，这是保障职工基本生活的重要原则。
二、病假工资的具体计算方式
计算基数：
- 通常，病假工资的计算基数会按照劳动合同的约定来确定，但这个基数不得低于当地的最低工资标准。例如，如果劳动合同中约定的月工资是5000元，那么这就是计算病假工资的基数。
计算系数：
- 计算系数则根据职工的连续工龄或实际工作年限来确定。不同地区可能有不同的规定，但一般来说，连续工龄越长，计算系数越高，病假工资也相应增加。比如，有的地区可能规定连续工龄不满2年的按60%计发，满2年不满4年的按70%计发，以此类推。
病假天数：
- 病假天数是指职工实际休病假的天数，这需要根据医疗证明或公司规定进行确认。在您提到的案例中，员工休了两个月病假，那么病假天数就是这两个月内的实际工作日数（需扣除周末和法定节假日）。
综合计算：
- 病假工资的具体数额可以通过以下公式计算：病假工资 = 计算基数 × 计算系数 × （病假天数/月计薪天数）。其中，月计薪天数通常为21.75天。
三、特殊情况与处理
劳动合同或集体合同约定：
- 如果企业与员工在劳动合同或集体合同中对病假工资有特别约定，并且这个约定不低于法定最低标准，那么应按照约定执行。
地区政策差异：
- 不同地区对病假工资的具体规定可能存在差异。比如，上海、深圳等地都有自己的特定标准。因此，在计算病假工资时，需要参考当地的具体规定。
医疗期限制：
- 医疗期是职工因病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。实际工作年限10年以下的，医疗期最长为5个月；10年以上的，最长可达24个月。在您提到的案例中，员工休了两个月病假，如果仍在医疗期内，那么企业应按照上述规定支付病假工资。
四、实例说明
以一个月工资为6000元、连续工龄为3年的员工为例，如果他请了5天病假（假设这5天都在一个月内，且该月工作天数为21.75天），并且该地区规定计算系数根据连续工龄确定为70%，那么他的病假工资计算如下：
- 日工资 = 6000 ÷ 21.75 ≈ 275.86元
- 病假工资 = 275.86 × 70% × 5 = 965.51元
如果员工休了两个月病假，且这两个月都符合支付病假工资的条件，那么就需要分别计算每个月的病假工资，并累加得到总额。
五、总结与建议
企业在处理病假工资问题时，应严格遵守相关法律法规及地区规定，确保职工权益得到保障。同时，建议企业制定明确的病假工资支付制度，并在劳动合同或集体合同中予以明确，以避免因理解不一致而产生的纠纷。对于员工而言，也应了解自身权益及企业规定，以便在需要时合理维护自己的合法权益。