员工请病假时工资的扣除方式是一个涉及法律法规、劳动合同以及企业内部规定等多个方面的问题。以下我将为您详细阐述病假工资的扣除方式及相关注意事项：

一、病假工资扣除的法律依据

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》及相关法律法规，员工在患病或非因工负伤治疗期间，企业有义务支付其病假工资或疾病救济费。这一支付标准旨在保障员工在生病期间的基本生活需求，且支付的病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。

二、病假工资的具体计算方式

1. 确定计算基数：

   • 首先，依据劳动合同中明确约定的病假工资计算基数执行，但该基数不得低于当地最低工资标准。
   • 若劳动合同无约定或约定不明，且有集体合同的，则按集体合同规定的病假工资计算基数执行。
   • 在既无劳动合同约定又无集体合同约定的情况下，用人单位可在不低于当地最低工资标准的80%范围内确定病假工资计算基数，一般可按照正常出勤月工资的70%来确定，但同样不能低于当地最低工资标准。

2. 确定计算系数：

   • 病假工资的计算系数与员工在本单位的工作年限及病假时长密切相关。例如，连续休假6个月以内的，连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发，以此类推。
   • 连续休假超过6个月的，则由企业支付疾病救济费，具体标准也根据连续工龄的不同而有所差异。

3. 计算病假工资：

   • 最终病假工资 = 病假工资计算基数 ÷ 21.75（月计薪天数）× 病假天数 × 相应比例（根据工作年限和病假时长确定的系数）。

三、特殊情况与处理

1. 长病假情况：对于连续请较长时间病假（如超过6个月）的员工，企业应支付疾病救济费，具体标准按上述规定执行。

2. 高于法定标准：企业可以自行制定高于法律规定标准的病假工资政策，但不得低于法定标准。

3. 地区性差异：不同地区可能在具体规定和操作细节上存在差异，企业和员工需遵循当地的具体规定。例如，北京市、上海市等地对病假工资的支付标准有明确的法律规定。

4. 休息日与节假日：员工疾病或非因工负伤休假日数应按实际休假日数计算，连续休假期内含有休息日、节假日的应予剔除。

四、权益保障与争议解决

员工在遇到病假工资不合理扣除等情况时，可首先与公司沟通协商，了解具体的扣除原因和依据。若协商不成，员工可向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。

五、建议

• 企业方面：应建立完善的病假管理制度，明确病假工资的支付标准和计算方式，并确保符合相关法律法规的要求。同时，加强与员工的沟通，确保员工了解公司的病假政策和工资扣除标准。

• 员工方面：在请病假前，应了解公司的病假政策和工资扣除标准，并按照公司规定提交相关的病假证明和申请。在遇到工资扣除不合理的情况时，应积极与公司沟通协商，维护自身合法权益。

综上所述，员工请病假时工资的扣除方式需严格遵循相关法律法规和合同约定，确保员工的合法权益得到保障。