员工生病请假扣工资需分情况处理，具体如下：

1. 医疗期内的工资支付
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在法定医疗期内享有病假工资保障。医疗期长度根据工龄和单位工作年限确定（如3-24个月），期间工资不得低于当地最低工资标准的80%。例如，若当地最低工资为2000元/月，则病假工资至少为1600元/月。

2. 医疗期外的工资处理
   医疗期满后，若员工仍无法返岗且未被解除劳动合同，单位可按当地最低工资标准支付生活费；若单位依法解除劳动合同，则需支付经济补偿金（按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）。

3. 病假工资的计算基数
   病假工资通常以员工本人工资为基数，按一定比例发放。具体比例因地区而异，例如：

   • 北京：连续工龄不满2年按60%发放，满2年不满4年按70%发放，满4年不满6年按80%发放，满6年不满8年按90%发放，满8年及以上按100%发放；
     
   • 上海：连续工龄不满2年按60%发放，满2年不满4年按70%发放，满4年不满6年按80%发放，满6年不满8年按90%发放，满8年及以上按100%发放，但不得低于最低工资标准的80%。

4. 特殊情形下的工资支付

   • 事假与病假的区别：若员工未提供病假证明而请假，单位可按事假处理（无工资）；
     
   • 未及时提交病假证明：单位可要求员工限期补交，逾期未交可按事假或旷工处理；
     
   • 单位规章制度冲突：若单位规章制度与法律法规冲突，以法律法规为准（如单位规定病假工资低于最低标准80%，则无效）。

建议：

• 单位应制定明确的病假管理制度，要求员工提供医疗机构出具的病假证明；
  
• 员工应保留就医记录、病假单等证据，以维护自身权益；
  
• 若发生争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体案例或地区差异问题，可进一步向我咨询。