针对“合同约定税金为零，承包人开具发票后怎么处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 合同条款合法性审查
   若合同明确约定“税金为零”，需首先审查该条款的合法性。根据《增值税暂行条例》及《发票管理办法》，销售方有义务按实际交易金额开具发票并缴纳税款，合同中免除法定纳税义务的条款可能因违反法律强制性规定而被认定无效。此时承包人开具的发票若未体现真实税负，可能被税务机关认定为“虚开发票”，面临补税、罚款甚至刑事责任风险。

2. 发票处理方式

   • 若合同无效部分不影响整体效力：承包人应按实际交易金额（含税）重新开具合规发票，并补缴相应税款。发包人需配合接收新发票，否则可能因无法抵扣进项税或列支成本而遭受损失。
     
   • 若合同被认定整体无效：双方需根据《民法典》第157条返还财产或折价补偿。承包人已开具的发票需作废或红冲，并重新按实际交易金额处理税务事宜。

3. 税务合规建议

   • 承包人：开具发票前应确认合同条款不违反税法，避免因“零税金”约定被追责。若已开具不合规发票，需主动向税务机关申报更正，降低处罚风险。
     
   • 发包人：接收发票时应核对税金计算是否符合法律规定，若发现异常可要求承包人重新开具，并保留书面沟通记录以备税务检查。

4. 争议解决路径
   若双方对税务处理存在分歧，可优先通过协商补充协议明确税负承担方式；协商不成时，可依据合同仲裁条款或向法院起诉，但需注意诉讼中税务机关可能作为第三人介入，影响案件走向。

行动建议：立即审查合同条款与发票内容的一致性，必要时委托税务师协助核算税负，并咨询律师制定合规方案。如有进一步疑问，可直接向我提供合同文本及发票信息，我将结合具体条款分析风险点。