结论：加班申请倒休后未休完的，是否可以发放加班费，需根据具体情况判断，主要包括是否已安排倒休、倒休期限是否合理以及劳动合同或规章制度的相关规定等。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律法规层面
《劳动法》相关规定：
- 根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 关键点：对于休息日加班，如果用人单位能够安排补休，则无需支付加班费；若不能安排补休，则需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
倒休期限的合理性：
- 法律法规并未明确规定倒休的具体期限，但通常认为，用人单位应在合理期限内安排劳动者倒休，以保障劳动者的休息权。
- 实践中的判断：如果用人单位长期不安排倒休，导致劳动者无法享受休息权，可能被视为未依法安排补休，劳动者有权要求支付加班费。
二、劳动合同与规章制度层面
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了加班倒休的具体条款，如倒休期限、方式等，用人单位应按照合同约定执行。
- 若合同未约定或约定不明：则需参考相关法律法规及行业惯例进行判断。
规章制度规定：
- 用人单位的规章制度中可能包含关于加班倒休的具体规定，如倒休的申请流程、审批权限、期限等。
- 规章制度的有效性：需确保规章制度的内容合法、合理，且已向劳动者公示或告知，否则可能对劳动者不产生约束力。
三、实际操作建议
劳动者角度：
- 保留加班证据：如加班记录、工作邮件、考勤记录等，以证明加班事实。
- 及时与用人单位沟通：如果用人单位未安排倒休或倒休期限不合理，应及时与用人单位沟通，要求安排倒休或支付加班费。
- 寻求法律援助：如果与用人单位协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
用人单位角度：
- 合理安排倒休：在劳动者加班后，应及时安排倒休，避免长期不安排倒休导致劳动者权益受损。
- 完善劳动合同与规章制度：明确加班倒休的具体条款和规定，确保合法、合理且已向劳动者公示或告知。
- 加强沟通与协商：与劳动者保持良好沟通，及时解决加班倒休相关问题，避免劳动纠纷的发生。
总结：加班申请倒休后未休完的，是否可以发放加班费，需根据具体情况判断。如果用人单位已安排倒休且倒休期限合理，则无需支付加班费；如果用人单位未安排倒休或倒休期限不合理，则劳动者有权要求支付加班费。在实际操作中，建议劳动者保留加班证据并及时与用人单位沟通，用人单位则应合理安排倒休并完善相关合同与制度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。