结论：合同中约定总金额为30万，但公司只收到5万定金，而合同中写明的定金数额为9万，这一约定是否合法，需结合具体情况分析，一般情况下，若9万定金未超过合同总金额的20%（即6万）的法定上限，则超出部分可能被认定为预付款而非定金，但合同整体仍可能有效；若双方协商一致且无其他违法情形，合同条款可依法成立，但超出法定比例的定金部分不产生定金罚则效力。以下为具体分析：
一、定金数额的法定限制
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十六条：“定金的数额由当事人约定，但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。实际交付的定金数额多于或者少于约定数额的，视为变更约定的定金数额。”
法定上限计算：
- 合同总金额为30万，定金的法定上限为30万×20%=6万。
- 合同中写明的定金数额为9万，超出了法定上限3万（9万-6万=3万）。
超出部分的效力：
- 超出的3万部分，不产生定金的效力，即不适用定金罚则（如一方违约，另一方不能要求双倍返还或没收这3万）。
- 这3万可能被视为预付款或其他性质的款项，具体需根据合同内容和双方意图判断。
二、合同的整体效力
合同成立与生效：
- 合同中约定定金数额，并不影响合同的整体成立与生效。只要合同内容合法、双方意思表示真实，合同即成立并生效。
- 定金条款只是合同中的一部分，其无效或部分无效，不影响合同其他条款的效力。
实际交付与约定不符：
- 实际交付的定金数额为5万，少于合同约定的9万。根据法律规定，这视为变更了约定的定金数额。
- 变更后的定金数额为5万，未超过法定上限6万，因此这5万定金是有效的。
三、法律建议
审查合同条款：
- 建议公司仔细审查合同条款，特别是关于定金的部分，确保定金数额未超过法定上限。
- 如果定金数额确实过高，可以考虑与对方协商修改合同条款，或明确超出部分的性质（如预付款）。
保留证据：
- 公司应保留好与定金相关的所有证据，如转账记录、收据、合同等，以备不时之需。
协商与诉讼：
- 如果双方就定金数额或合同履行产生争议，建议首先通过协商解决。
- 如果协商无果，公司可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径维护自身权益。
四、可能后果
定金罚则不适用：
- 如果一方违约，另一方不能就超出的3万部分要求双倍返还或没收。
合同继续履行：
- 除非合同中存在其他导致合同无效或可撤销的情形，否则合同应继续履行。
赔偿损失：
- 如果一方违约给另一方造成损失，违约方应承担赔偿责任。赔偿范围应限于实际损失，包括直接损失和间接损失。
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