在劳动合同修改导致原合同作废的情况下，可以通过以下方式清晰、合法地表达这一变更：

1. 明确条款声明
   在修改后的新合同中，需设置专门条款明确原合同的作废。例如：“自本合同生效之日起，甲乙双方于[原合同签订日期]签订的《劳动合同》（合同编号：[具体编号]）即行终止，其全部条款不再对双方具有约束力。”
   此条款需包含原合同的关键信息（如签订日期、编号），以避免歧义，并确保双方对合同变更的知情权。

2. 双方签字确认
   新合同必须经双方签字（或盖章）确认，尤其是劳动者需在“劳动者确认”栏中手写签字，并注明日期。若涉及电子合同，需符合《电子签名法》要求，确保签名真实有效。
   法律依据：根据《劳动合同法》第35条，劳动合同变更需双方协商一致并采用书面形式。签字确认是证明协商一致的关键环节。

3. 附条件作废条款（可选）
   若原合同作废需满足特定条件（如新合同生效、劳动者完成某项手续等），可在新合同中设置附条件条款。例如：“本合同生效后，原合同自[具体条件达成日期/事件]起作废。”
   此方式适用于合同变更存在过渡期或需分步实施的场景，但需确保条件明确、可操作。

4. 书面通知补充（非必须但推荐）
   若新合同未明确提及原合同作废，可单独出具《劳动合同变更通知书》，载明原合同信息、作废原因及新合同生效日期，并由双方签字确认。
   作用：作为辅助证据，强化合同变更的合法性，尤其在劳动争议中可减少举证风险。

注意事项：

• 避免单方作废：原合同作废必须经双方协商一致，用人单位不得单方宣布作废，否则可能构成违法解除合同。
  
• 保留原合同副本：双方均需留存原合同及新合同的复印件或电子版，以备查验。
  
• 及时办理备案（如需）：若原合同已向劳动行政部门备案，需同步办理变更备案手续。

如有进一步疑问（如具体条款设计、争议处理等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细建议。