结论：合同中既约定工程质量保证金提交形式为现金，又给出保函格式，并不一定构成矛盾，具体需结合合同整体内容、双方真实意图及行业惯例等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的独立性解释
条款可并存性：合同中的不同条款往往针对不同方面或不同条件下的义务进行约定。若现金提交与保函格式条款分别针对不同情形（如不同阶段的保证金提交方式、不同金额的保证金提交要求等），则二者可并存，不构成矛盾。
条款冲突解决：若两个条款在字面上存在直接冲突，即无法同时满足时，需依据合同解释原则（如目的解释、整体解释、诚实信用原则等）来确定应适用的条款。此时，需考察合同目的、双方交易习惯、行业惯例等因素，以判断哪一条款更符合双方真实意图。
二、保函作为保证金提交形式的合法性
保函的法律性质：保函，尤其是银行保函，是一种常见的担保方式，具有独立性和无条件性。在建设工程领域，保函常被用作工程质量保证金的替代形式，以减轻承包人的资金压力。
保函的接受性：若合同中明确允许或未禁止以保函形式提交工程质量保证金，且发包人接受承包人提交的保函，则保函作为保证金提交形式是合法有效的。此时，现金提交与保函格式条款可视为提供了两种可选的保证金提交方式。
三、实际操作中的建议
明确条款意图：建议双方在合同中明确现金提交与保函格式条款的具体适用情形和条件，以避免后续争议。例如，可以约定在特定条件下（如工程进度达到某一阶段、承包人信用评级达到某一水平等），承包人可选择以保函形式提交部分或全部工程质量保证金。
协商补充协议：若合同中确实存在条款冲突或不明确之处，双方可通过协商签订补充协议来明确保证金提交的具体方式和条件。补充协议应详细规定保函的开具机构、保函金额、保函期限、保函的兑现条件等关键要素。
寻求法律救济：若双方无法就保证金提交方式达成一致意见，且合同中未明确约定争议解决方式，则任何一方均有权向法院提起诉讼或申请仲裁，以寻求法律救济。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将依据合同解释原则、行业惯例及公平原则等因素来综合判断应适用的条款。
进一步思考：在建设工程领域，工程质量保证金的提交方式往往受到行业惯例、政策法规及双方交易习惯等多种因素的影响。因此，在签订合同时，双方应充分考虑这些因素，并尽可能在合同中明确保证金提交的具体方式和条件。若遇到复杂或疑难问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。