结论：合同里约定支付质保金给甲方，而乙方以保函的形式提供，这种做法在法律上是合法的，但具体是否可行还需根据合同的具体条款以及双方协商确定。
分析说明：
保函的法律性质：
- 保函，特别是银行保函，是一种由银行出具的书面保证文件，承诺在申请人（乙方）不履行其合同义务时，由银行按照保函的约定向受益人（甲方）承担支付责任。
- 保函在法律上被视为一种独立的担保方式，其效力不受主合同效力的影响。
合同条款的灵活性：
- 合同是双方意思自治的体现，只要合同条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，双方就有权自由约定合同内容。
- 因此，在合同中约定乙方以保函的形式提供质保金，并不违反法律规定，是双方协商一致的结果。
实际操作中的考虑：
- 虽然保函在法律上是合法的，但甲方在接受保函作为质保金时，应仔细审查保函的条款，确保保函的出具银行信誉良好，保函的金额、期限等符合合同要求。
- 乙方应确保保函的真实性和有效性，避免因保函问题导致合同纠纷。
合同变更与协商：
- 如果合同原本约定的是直接支付质保金，而双方协商后决定改为保函形式，这属于合同变更，需要双方书面确认并签署变更协议。
- 在变更过程中，双方应就保函的具体条款进行充分协商，确保变更后的合同内容符合双方利益。
法律建议：
- 审查保函条款：甲方在接受保函时，应仔细审查保函的条款，包括保函金额、期限、出函银行等，确保保函符合合同要求。
- 书面确认变更：如果合同内容发生变更，双方应书面确认并签署变更协议，以避免后续纠纷。
- 咨询专业律师：在涉及复杂合同条款或保函问题时，建议双方咨询专业律师，以确保合同内容的合法性和有效性。
可能后果：
- 如果保函条款存在瑕疵或不符合合同要求，可能导致甲方无法按时获得质保金，进而影响工程进度或质量。
- 如果双方未就合同变更进行书面确认，可能在后续执行过程中产生纠纷，增加诉讼成本和时间成本。
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