结论前置：工程合同中同时约定质保金和保函两种方式时，后续执行需结合合同条款、法律规定及双方协商，分情况处理。以下是具体执行逻辑及建议：

1. 合同条款优先：明确约定执行顺序或条件

• 若合同明确约定执行顺序（如“先退保函，后退质保金”或“保函作为质保金替代，到期后一并处理”），则按合同条款执行。例如，合同可能规定“保函有效期至缺陷责任期届满后30日，到期后无质量问题则退还保函并支付质保金尾款”，此时需严格按时间节点操作。
• 若合同未明确约定，则需双方协商补充协议，或依据行业惯例（如《建设工程施工合同（示范文本）》GF-2017-0201中关于质保金和保函的条款）处理。

2. 法律框架下的执行规则

• 质保金的法律性质：根据《民法典》及《建设工程质量保证金管理办法》，质保金是发包人从应付工程款中预留的资金，用于保证承包人在缺陷责任期内对工程质量问题的维修义务。缺陷责任期届满后，若无质量问题，发包人应退还质保金。
• 保函的法律性质：保函（如银行保函、担保公司保函）是承包人通过第三方担保机构向发包人提供的履约保证，若承包人未履行维修义务，发包人可凭保函向担保机构索赔。保函的有效期通常覆盖缺陷责任期。
• 执行逻辑：
  • 缺陷责任期内：若出现质量问题，发包人可优先通过保函索赔；若保函金额不足或已过期，则可动用质保金。
  • 缺陷责任期届满后：若保函仍有效，发包人应退还保函；若质保金未退还，则应同时退还质保金（或扣除已实际发生的维修费用后退还余额）。

3. 实务中的常见争议及处理

• 争议点1：保函到期后，发包人是否仍可扣留质保金？
  • 处理：若保函到期且缺陷责任期已届满，发包人无权以保函过期为由扣留质保金。但若承包人未履行维修义务，发包人可依据合同约定或法律规定，从质保金中扣除维修费用。
• 争议点2：质保金与保函是否可同时主张？
  • 处理：通常不可同时主张。保函是替代性担保，若保函已覆盖全部质保责任，发包人应优先通过保函索赔；若保函金额不足或未覆盖，则可补充扣留质保金。

4. 操作建议

• 对发包人：
  1. 在合同中明确保函与质保金的衔接条款（如保函到期时间、质保金退还条件）。
  2. 缺陷责任期内及时通知承包人维修，并留存书面记录。
  3. 缺陷责任期届满后，及时退还保函和质保金（或扣除实际费用后退还）。
• 对承包人：
  1. 确保保函有效期覆盖缺陷责任期，避免因保函过期导致权益受损。
  2. 及时履行维修义务，避免发包人动用质保金或保函。
  3. 缺陷责任期届满后，主动要求发包人退还保函和质保金。

总结：工程合同中同时约定质保金和保函时，执行需以合同条款为基础，结合法律规定和双方协商，重点明确保函与质保金的衔接条件、缺陷责任期的处理规则，以及争议解决方式。如有具体合同条款或执行争议，可进一步向我咨询，我会结合合同文本和实务经验提供详细分析。