当合同中约定的履约保证金以保函形式存在，且合同到期后，对于保函的处理通常遵循以下步骤和原则：
一、保函到期后的基本处理原则
保函自然终止：履约保函是银行为确保合同双方履约而提供的一种担保措施。一旦保函所担保的合同内容已顺利履行完毕，或者达到了保函规定的期限，该保函即告失效，无需进行额外的法律操作。
保证金退还：对于需要缴纳保证金的保函，银行在保函到期后，会根据保函的具体条款，对未付的保证金余额进行退还。这一过程通常涉及银行核实合同履行情况，确认无争议后，将保证金余额退还给保函申请人或指定的受益人。
二、合同到期后保函处理的详细步骤
核实合同履行情况：
- 银行在保函到期前或到期时，会首先核实合同是否已经按照约定履行完毕。
- 如果合同已履行完毕，且无任何争议或违约情况，银行将准备退还保证金。
确认未付保证金余额：
- 银行会核对保函项下的保证金账户，确认未付的保证金余额。
- 这一步骤确保退还的金额准确无误，避免任何财务纠纷。
退还保证金：
- 一旦确认无误，银行将按照保函中的约定，及时将保证金余额退还给保函申请人或指定的受益人。
- 退还方式可能包括银行转账、支票等，具体取决于银行和申请人的约定。
保留相关文件和记录：
- 银行会保留与保函相关的所有文件和记录，包括保函申请、合同副本、履行情况证明等。
- 这些文件和记录在日后可能出现的争议或审计中起到关键作用。
三、合同中的特别约定
- 在合同中，双方可以就保函到期后的处理方式进行特别约定。例如，可以约定在合同履行完毕后，保函自动延长一段时间以覆盖可能的质保期；或者约定在特定条件下，保函的效力可以延续。
- 这些特别约定应当明确、具体，并符合相关法律法规的规定。
四、注意事项
- 及时沟通：在保函到期前，合同双方应保持沟通，确保对保函的处理方式有共同的理解。
- 遵守法律法规：保函的处理应遵守相关法律法规的规定，避免出现违法违规行为。
- 保留证据：合同双方应保留与保函相关的所有证据和文件，以备日后可能出现的争议或审计需要。
综上所述，当合同中约定的履约保证金以保函形式存在，且合同到期后，保函通常按照上述原则进行处理。合同双方可以在合同中就保函到期后的处理方式进行特别约定，以确保合同的顺利履行和双方权益的保障。