结论前置：在我国，企业并不具备行政处罚权，因此不能直接对员工进行罚款。工厂对员工进行“扣款”或“罚款”的行为，其合法性主要取决于扣款行为的本身是否合法、合理以及是否符合相关法律规定和程序，而非仅仅取决于扣款数额的多少。不过，若从员工工资中扣除赔偿等款项，有明确的比例限制。

详细分析：

1. 企业无权直接罚款：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政处罚的一种，只能由具有行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织行使。企业并非行政机关，不具备直接罚款的权力。
   • 原《企业职工奖惩条例》曾赋予企业罚款权，但该条例已于2008年废止。此后，法律未明确授予用人单位经济处罚权。

2. 合法扣除工资的情况及比例限制：

   • 在特定情况下，企业可以从员工工资中扣除一定款项，但这并不等同于罚款。例如，员工因个人原因给用人单位造成经济损失，依据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可要求赔偿，并从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 计算公式示例：若员工当月工资为5000元，因个人原因给工厂造成损失，工厂最多可从其工资中扣除1000元（5000元×20%）作为赔偿，扣除后员工剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 其他合法扣除包括法院判决、裁定要求的代扣费用（如抚养费、赡养费）、代扣代缴的个人所得税，以及应由劳动者个人负担的社会保险费用等。

3. 关注扣款行为的合法性与合理性：

   • 工厂若需对员工采取管理措施，应确保措施在法律允许范围内，且不侵犯员工合法权益。
   • 扣款行为若存在非法性，如未经合法程序、缺乏合理依据或数额明显不合理，即可能构成违法。例如，工厂以莫须有的理由或超出法定比例扣款，员工有权拒绝并维权。

4. 员工权益保护：

   • 如果工厂擅自以罚款名义克扣员工工资，员工首先可与工厂协商解决，要求工厂说明扣款依据并出示相关证据。
   • 协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁时，员工应提供工资条、扣款通知等证据以支持自己的主张。

总结与建议： 工厂对员工进行扣款时，应严格遵守法律法规，确保扣款行为的合法性和合理性。员工也应了解自己的权益，并在权益受损时及时采取措施进行维权。若您遇到工厂违法扣款的情况，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。