结论前置：
- 通常情况下，年假扣全勤是不合法的。员工在依法休年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇，包括全勤奖。
- 但在特殊情况下，如果公司规章制度有明确且合理的规定，并经过了民主程序制定及公示，且不违反法律法规的强制性规定，那么年假扣全勤可能具有一定的合法性。不过，这种情况较为少见，且规章制度的内容必须合理，不能损害劳动者的合法权益。
法律依据与解析
年假的法定性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着年假是劳动者的法定权利，休年假等同于正常出勤。
全勤奖的定义与性质：
- 全勤奖是企业为激励员工出满勤、保证工作正常开展而设立的奖励机制。它通常要求员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。年休假作为劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度，因此不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。
公司规章制度的影响：
- 尽管法律规定了年假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定。然而，公司规章制度的内容必须合理，且不能违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中关于年假扣全勤的规定明显不合理，损害了劳动者的合法权益，即使经过合法程序制定，也可能被认定为无效。
劳动者应对策略
对于劳动者而言，如果遇到年假被扣除全勤奖的情况，可以采取以下策略来维护自己的合法权益：
沟通协商：
- 首先与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付全勤奖。在沟通过程中，可以明确指出年假是劳动者的法定权利，休年假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入和福利待遇。
法律途径：
- 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在申诉过程中，劳动者应提供充分的证据来证明自己的年假是合法且符合规定的，如年假申请记录、工资条等。
总结与建议
年假扣全勤通常是不合法的，因为年假是劳动者的法定权利，且休年假等同于正常出勤。然而，在特殊情况下，如果公司规章制度有明确且合理的规定，并经过了民主程序制定及公示，且不违反法律法规的强制性规定，那么年假扣全勤可能具有一定的合法性。但这种情况较为少见，且规章制度的内容必须合理。对于劳动者而言，遇到此类情况应首先尝试沟通协商，若协商不成则可通过法律途径来维护自己的合法权益。
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