结论：公司不批准员工因身体不舒服的请假申请，并要求员工自动离职，这种做法一般是不合法的。

分析如下：

1. 关于请假申请：

   • 员工因身体不舒服需要请假，这是员工的基本权利。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，员工有权享受休息和休假的权利。当员工因病或非因工负伤需要停止工作医疗时，公司应当根据员工实际工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期，并在医疗期内支付病假工资或疾病救济费。
   • 因此，员工因身体不舒服请假两天，公司应当根据实际情况予以批准，除非有特殊情况或公司规章制度中有明确规定且该规定不违反法律法规。

2. 关于自动离职：

   • 自动离职通常指的是员工未经公司同意，擅自离开工作岗位或终止劳动关系的行为。这种行为可能构成违约或违反公司规章制度，但公司不能因此要求员工自动离职作为批准请假的条件。
   • 如果公司要求员工自动离职，这实际上是一种变相的解雇行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，公司解雇员工必须符合法定条件，并遵循法定程序，如提前通知、支付经济补偿等。否则，公司的解雇行为可能构成违法解雇，需要承担相应的法律责任。

3. 公司的合法做法：

   • 如果员工因身体不舒服请假，公司应当首先核实员工的病情和请假理由，并根据实际情况予以批准或拒绝。如果拒绝请假申请，公司应当说明理由，并告知员工可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。
   • 如果员工确实需要长时间请假或无法继续工作，公司可以与员工协商解除劳动合同，并按照法律规定支付经济补偿。但公司不能单方面要求员工自动离职或采取其他违法手段来终止劳动关系。

建议：

• 对于员工来说，如果公司不批准请假申请并要求自动离职，员工可以首先与公司进行沟通协商，了解公司的具体理由和依据。如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
• 对于公司来说，应当遵守相关法律法规和公司规章制度，尊重员工的合法权益。在处理员工请假和离职等问题时，应当遵循法定程序和规定，避免采取违法手段来终止劳动关系。

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