核心结论：特种操作资格证被未合作过的公司备案，属于证件被冒用或违规使用的情形，您可通过以下步骤依法维权并消除影响：

一、立即核实备案信息，固定证据

1. 查询备案详情
   通过当地应急管理部门（原安监局）或特种作业操作证查询平台（如国家应急管理部官网“特种作业操作证及安全生产知识和管理能力考核合格信息查询平台”），确认备案公司名称、备案时间、工种等具体信息。
2. 留存证据
   截图保存查询结果、未与该公司签订的劳动合同/挂靠协议、工资流水、社保记录等证明您未实际在该司工作的材料，作为后续维权依据。

二、向备案公司提出书面异议

1. 联系公司要求撤销备案
   通过EMS向公司发送《撤销特种操作资格证备案申请书》，明确要求其限期（如7日内）向发证机关申请撤销备案，并附上证据材料。
   法律依据：根据《行政许可法》第六十九条，若公司通过欺骗、贿赂等不正当手段取得备案，发证机关可依法撤销。
2. 警告法律后果
   若公司拒绝配合，可在申请书中明确告知其涉嫌“冒用他人证件”“虚假备案”等违法行为，可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿）及民事赔偿。

三、向发证机关申请行政救济

1. 提交书面申诉
   向当地应急管理部门提交《特种操作资格证备案异议申诉书》，附上证据材料，要求发证机关核查并撤销错误备案。
   关键点：强调您未与该公司存在劳动关系或挂靠关系，备案行为缺乏合法依据。
2. 申请听证或复议
   若发证机关未及时处理，可依据《行政复议法》申请行政复议，或依据《行政诉讼法》提起行政诉讼，要求法院判决撤销错误备案。

四、防范后续风险

1. 报警处理
   若怀疑证件被盗用或公司存在诈骗行为，向公安机关报案，追究其刑事责任（如涉嫌伪造国家机关证件罪）。
2. 公告声明
   在行业网站或媒体发布声明，澄清您与该公司无任何关联，避免因他人违规行为影响您的职业信誉。
3. 定期查询证件状态
   每3-6个月查询一次证件备案信息，防止再次被冒用。

五、法律责任分析

1. 公司责任
   若公司擅自备案，可能违反《安全生产法》第九十七条（“特种作业人员未按照规定经专门的安全作业培训并取得相应资格，上岗作业的，责令限期改正，处十万元以下的罚款”），需承担行政处罚责任。
2. 个人责任
   若您明知证件被冒用而未及时处理，可能被认定为“默许”行为，但实践中以您主动维权为前提，通常不追究个人责任。

行动建议：优先通过书面异议+行政申诉解决，若公司态度强硬或发证机关推诿，直接委托律师介入调查取证并启动法律程序。如有进一步证据或细节需要分析，可随时向我补充说明，我会为您制定具体维权方案。