在行政诉讼中，一审法院仅以原告主体不符为由作出认定，而不对被告的违法行为进行认定，这种做法的合法性需分情况讨论：
原告主体不适格的情况：
- 如果法院在审查过程中发现原告确实不具备提起行政诉讼的主体资格，例如原告与被诉行政行为没有直接的利害关系，或者原告不是行政行为的相对人等，那么法院有权依据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，裁定驳回原告的起诉。在这种情况下，法院不对被告的违法行为进行认定是合法的，因为原告主体不适格意味着其无权提起诉讼，法院无需对案件的实体内容进行审查。
法院未全面审查案件的情况：
- 如果法院在审查过程中，仅以原告主体不适格为由作出裁定，而未对被告的违法行为进行必要的审查，这可能构成程序上的瑕疵。根据行政诉讼法的原则，法院应当对案件进行全面审查，包括原告的主体资格、被告的行政行为是否合法等。如果法院未履行这一职责，其裁定可能因程序不当而被撤销或改判。
- 具体来说，即使原告主体存在争议，法院也应当在审查过程中对被告的行政行为进行初步审查，以确定是否存在明显的违法行为或需要进一步审理的必要。如果法院完全忽视了对被告行政行为的审查，这可能违反了行政诉讼的全面审查原则。
原告主体资格与被告违法行为的关联性：
- 在某些情况下，原告主体资格的问题可能与被告的违法行为密切相关。例如，如果原告主张其权益受到被告行政行为的侵害，而法院在审查过程中发现原告并非该权益的合法主体，那么这可能同时涉及原告主体资格和被告行政行为合法性的问题。在这种情况下，法院应当更谨慎地处理，确保既不对不适格的原告进行实体审理，也不忽视对被告行政行为的必要审查。
法律建议：
- 对于原告而言，如果认为法院仅以主体不适格为由驳回起诉而未对被告违法行为进行审查，可以考虑提起上诉或申请再审，要求上级法院对案件进行全面审查。
- 对于被告而言，如果认为法院的裁定存在程序瑕疵或未全面审查案件，也可以依法提出异议或上诉，以维护自己的合法权益。
- 在任何情况下，当事人都应当积极收集证据，证明自己的主张或反驳对方的主张，以便在诉讼中占据有利地位。
可能后果：
- 如果法院裁定驳回起诉且该裁定被上级法院维持，原告将失去通过行政诉讼途径解决争议的机会，可能需要寻求其他救济途径，如行政复议或信访等。
- 如果法院裁定被撤销或改判，案件将可能进入实体审理阶段，法院将对被告的行政行为进行全面审查，并作出相应的判决。