当员工被确诊为胰腺癌这类特殊疾病时，公司应当采取一系列合法、合理且充满人文关怀的措施来处理。以下是一些具体的建议：

一、确定医疗期

首先，公司需要根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限，来确定其应享有的医疗期。根据相关规定，对于患特殊疾病（如癌症）的职工，在24个月内尚不能痊愈的，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。这意味着，如果员工被确诊为胰腺癌，且预计在常规医疗期内无法痊愈，公司应考虑为其延长医疗期。

二、支付病伤假工资

在医疗期内，公司需要按照劳动合同和集体合同的约定，向员工支付病伤假工资。根据《安徽省工资支付规定》（此处以安徽省为例，具体规定可能因地区而异）等相关法律法规，病伤假工资不得低于当地最低工资标准的80%。公司应确保这一标准的执行，以保障员工在医疗期内的基本生活需求。

三、社保缴纳

在医疗期内，公司仍需为员工缴纳社保。社保缴纳基数通常依据员工的实际工资来确定。如果员工的工资在医疗期内降低为最低工资标准的80%，那么社保缴纳基数也应相应调整。公司应确保社保缴纳的连续性和合规性，以保障员工的社保权益。

四、沟通与关怀

除了上述法律义务外，公司还应积极与员工进行沟通，了解其病情和治疗进展，提供必要的关怀和支持。例如，可以定期询问员工的身体状况，提供心理咨询服务，或者协助员工申请医疗救助等。这些举措不仅有助于员工更好地应对疾病，也能增强员工对公司的归属感和忠诚度。

五、合法解除劳动合同的注意事项（如适用）

如果员工的医疗期满后，确实无法继续从事原工作，也无法从事由公司另行安排的工作，那么公司在解除劳动合同时需要遵循相关法律法规的规定。具体来说，公司应提前30日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工1个月工资后，方可解除劳动合同。同时，公司还应确保解除劳动合同的程序合法合规，避免引发劳动争议。

六、寻求专业法律意见

由于劳动法律法规的复杂性和地域性差异，公司在处理此类问题时最好寻求专业法律意见。这有助于公司更好地理解和遵守相关法律法规，避免因处理不当而引发的法律风险。

综上所述，当员工被确诊为胰腺癌时，公司应确定其医疗期、支付病伤假工资、缴纳社保、提供沟通与关怀，并在必要时合法解除劳动合同。同时，公司还应寻求专业法律意见以确保处理过程的合法性和合规性。