针对您提出的“中央高校学费代偿基层工作第二年辞职了但还是在基层能领吗”这一问题，以下是我根据相关政策为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，中央高校学费代偿政策是针对到中西部地区和艰苦边远地区基层单位就业、服务期在3年以上（含3年）的应届毕业生所设立的。这一政策的核心在于鼓励高校毕业生到基层单位长期服务，因此，服务期的完整性是获得学费代偿的重要条件。

接下来，我们分析您的情况。您在基层工作第二年辞职了，但仍在基层工作。这里有几个关键点需要注意：

1. 辞职行为：辞职本身可能意味着您与原就业单位的服务关系已经中断。即使您仍在基层工作，但如果是与新的单位建立了服务关系，那么原单位的服务期可能不再被认可。

2. 服务期连续性：学费代偿政策要求服务期连续3年以上。如果您在第二年辞职，那么服务期就出现了中断，这可能会影响您后续获得学费代偿的资格。

3. 政策具体规定：根据相关政策，对于未满3年服务年限，提前离开中西部地区和艰苦边远地区基层单位的高校毕业生，将取消学费补偿和国家助学贷款代偿资格。这里的“提前离开”不仅指完全离开基层工作，也包括在同一基层单位内服务关系的中断（如辞职后重新就业）。

综合以上分析，虽然您仍在基层工作，但由于您在第二年辞职了，这可能导致您的服务期不再连续，从而影响您获得后续学费代偿的资格。为了准确判断您是否还能领取学费代偿，我建议您：

• 咨询原就业单位或学校：了解他们对于您这种情况的具体看法和处理方式。
• 查阅相关政策文件：仔细研读《财政部等五部门关于印发〈学生资助资金管理办法〉的通知》及附件《基层就业学费补偿国家助学贷款代偿实施细则》，看是否有针对您这种情况的特殊规定。
• 准备相关材料：如果您认为您仍然符合学费代偿的条件，那么请准备好相关证明材料，如新的就业协议、服务期证明等，以便向学校或相关部门申请。

最后，我想强调的是，学费代偿政策是一项严肃的政策，其目的是为了鼓励高校毕业生到基层单位长期服务。因此，在申请学费代偿时，请务必确保您符合政策规定的所有条件，并诚实守信地提供相关材料。