结论：在上班途中发生交通事故且对方全责的情况下，公司主要承担的是配合员工进行工伤认定和申报的责任，而具体的赔偿责任主要由交通事故的责任方（即对方）承担。不过，如果员工被认定为工伤，公司还需承担一些与工伤相关的责任，如支付停工留薪期间的工资等。

详细分析：

1. 交通事故责任与工伤认定的关系：

   • 根据《工伤保险条例》的规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。
   • 在您描述的情况中，由于对方全责，因此您的情况符合工伤认定的条件。

2. 公司的责任：

   • 配合工伤认定：公司应当积极协助员工进行工伤认定，提供必要的证明材料，如劳动合同、考勤记录等。
   • 支付停工留薪期间工资：如果员工因工伤需要暂停工作接受治疗，公司应当按照原工资福利待遇支付停工留薪期间的工资。
   • 其他工伤待遇：如果员工被认定为工伤，且构成伤残等级，公司还需根据伤残等级支付相应的伤残津贴、一次性伤残补助金等。但需要注意的是，这些费用通常由工伤保险基金支付，如果公司未为员工缴纳工伤保险，则这些费用将由公司承担。

3. 交通事故责任方的责任：

   • 由于对方全责，因此交通事故的责任方（即对方或对方的保险公司）应当承担员工的医疗费用、误工费、护理费等因交通事故造成的损失。
   • 员工在获得交通事故赔偿后，如果工伤赔偿与交通事故赔偿存在重复的项目（如医疗费），则员工不能重复获得赔偿。但对于其他不重复的项目（如伤残津贴与交通事故的伤残赔偿），员工可以分别获得赔偿。

4. 实际操作建议：

   • 及时报警并保留证据：发生交通事故后，应及时报警并保留好相关证据，如交通事故认定书、医疗记录等。
   • 申请工伤认定：在事故发生后的一定期限内（通常为30日内），向公司提出工伤认定申请，并由公司向当地社会保险行政部门提交工伤认定申请。
   • 与交通事故责任方协商赔偿：在工伤认定过程中或认定后，可以与交通事故的责任方协商赔偿事宜。如果协商不成，可以通过法律途径解决。

特殊情况说明：

• 如果员工在交通事故中受伤严重，且公司未为其缴纳工伤保险，那么公司可能需要承担更大的经济责任。因此，公司应当重视为员工缴纳工伤保险的重要性。

后续行动建议：

• 如果您或您的同事遇到了类似的情况，建议首先与公司的人力资源部门或法务部门沟通，了解公司的具体政策和流程。
• 同时，也可以咨询我，以获取更具体的法律建议和帮助。在处理此类事务时，保持冷静、理性，并依法维护自己的合法权益。