结论：公司补缴社保时，若个人拒绝承担个人应缴部分，公司一般不会直接起诉个人，但可能通过劳动监察或社保部门追缴，个人可能面临行政处罚或影响社保权益；极端情况下，公司可能通过法律途径追偿，但实践中较少见。

1. 社保补缴的法律框架与个人责任

根据《社会保险法》第六十条，用人单位和劳动者必须共同缴纳社保，其中个人承担部分由用人单位代扣代缴。若公司补缴社保（如因历史欠缴被责令补缴），个人应缴部分仍需由个人承担。若个人拒绝缴纳，公司有权从工资中代扣（需符合《工资支付暂行规定》第十五条），但若工资不足以覆盖或个人强烈反对，公司需通过其他途径解决。

2. 公司不会直接起诉个人的原因

• 行政优先原则：社保补缴纠纷属于行政范畴，公司通常先向社保部门或劳动监察大队举报，由行政部门责令个人缴纳（如通过《社会保险费征缴暂行条例》第十三条）。
  
• 诉讼成本高：起诉个人需证明其拒绝缴纳的故意及损失金额，程序复杂且成本较高，公司一般优先选择行政手段。
  

3. 个人可能面临的后果

• 行政处罚：若个人经社保部门催缴仍拒缴，可能被处以欠缴金额1倍以上3倍以下罚款（《社会保险法》第八十六条）。
  
• 社保权益受限：个人拒缴部分可能导致社保账户异常，影响医疗、养老等权益（如医保无法报销、养老金减少）。
  
• 公司追偿风险：若公司已垫付个人部分，可能通过劳动仲裁或诉讼要求个人返还，但需证明垫付事实及合理性（实践中案例较少）。
  

4. 特殊情形：公司能否从工资中强制扣款？

根据《工资支付暂行规定》第十五条，公司可从工资中代扣社保个人部分，但需满足：

• 扣款后工资不低于当地最低工资标准；
  
• 需提前告知个人扣款事项（如劳动合同或规章制度中约定）。
  若公司未经同意超额扣款，个人可向劳动监察投诉或申请劳动仲裁要求返还。

5. 建议与风险提示

• 对个人：社保是法定权益，拒缴可能面临行政处罚和权益损失。若对补缴金额有异议，可与公司协商或向社保部门核实计算依据。
  
• 对公司：应优先通过行政途径追缴个人部分，避免直接诉讼。若需垫付，需保留缴费凭证并明确告知个人，降低后续追偿风险。
  

如有进一步疑问（如具体补缴金额计算、行政处罚流程等），可直接向我咨询，我会结合您所在地区的政策详细解答。