跨省携带卷烟被查到后的处理方式主要取决于携带的数量以及是否持有有效的携带证明。以下是根据相关法律法规和实际案例的详细解答：
一、携带数量限制
根据《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理和携带证使用的通知》的规定，个人乘坐车、船、飞机等交通工具，跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（即50条）。在最高限量以内携带卷烟，不需要办理携带证明。
二、超限量携带的处理
无携带证明且超限量：
- 如果个人携带的卷烟数量超过了最高限量，并且没有烟草专卖部门开具的携带证明，那么这种行为将被视为无烟草专卖品准运证运输卷烟。
- 烟草专卖局将参照对无准运证运输卷烟违法行为的处罚规定进行处理，这可能包括罚款、没收卷烟等措施。
有携带证明但超限量：
- 即使持有携带证明，如果携带的卷烟数量超过了携带证规定的数量，同样会被视为违法行为，并受到相应的处罚。
三、实际案例参考
- 案例一：小王携带60条卷烟跨省回家，因无烟草专卖部门开具的携带证明，被A县烟草专卖局以无烟草专卖品准运证运输卷烟进行了处罚。这说明了超限量且无携带证明携带卷烟的严重性。
- 案例二：汉川市烟草专卖局查获了一起超限量邮寄或异地携带烟叶、烟草制品的案件。由于无法找到当事人，烟草专卖局依法对涉案卷烟进行了先行登记保存，并在公告期满后无人接受调查处理的情况下，决定对卷烟进行变卖，变卖款上缴国库。这显示了烟草专卖局对超限量携带卷烟行为的严格处理态度。
四、建议与注意事项
- 了解规定：在跨省携带卷烟前，务必了解并遵守相关的法律法规和携带数量限制。
- 办理携带证明：如果需要携带超过最高限量的卷烟，应提前向烟草专卖部门申请办理携带证明。
- 配合检查：在携带卷烟过程中，如果遇到烟草专卖部门的检查，应积极配合并提供相关证明文件。
综上所述，跨省携带卷烟时，请务必遵守相关规定，避免超限量携带或未办理携带证明而带来的不必要的麻烦和法律风险。