结论：医疗期过后，停薪留职并不一定是对员工最有利的方法，具体需根据员工的实际情况和用人单位的具体操作来综合判断。
分析：
停薪留职的适用性：
- 停薪留职通常是在特定情况下，如员工因个人原因需要暂时离开工作岗位，但希望保留职位和劳动关系时的一种安排。然而，在医疗期过后，员工的情况可能更为复杂，涉及能否继续从事原工作或另行安排的工作等问题。
- 如果员工医疗期满后能够胜任原工作或单位另行安排的工作，那么停薪留职可能并不是必要的，甚至可能对员工不利，因为停薪留职期间员工可能无法获得正常的工资和福利待遇。
医疗期过后的合法处理方式：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，若员工医疗期满后既不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，单位可以提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并需支付经济补偿金。
- 经济补偿金的计算方式为：按员工在本单位工作年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 如果员工被鉴定为丧失或部分丧失劳动能力，且医疗期未届满或仍需治疗，单位一般不得解除劳动合同，除非员工存在严重违反规章制度等法定过错情形。
对员工有利的建议：
- 与用人单位沟通：员工应首先与用人单位沟通，了解自己的工作状况和用人单位的意图，以便做出合理的决策。
- 评估自身能力：员工应评估自己能否胜任原工作或另行安排的工作，如果能够胜任，则应积极要求恢复工作并享受相应的工资和福利待遇。
- 寻求法律帮助：如果员工认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以寻求法律帮助，维护自己的合法权益。例如，如果单位违法辞退员工，劳动者有权选择要求继续履行劳动合同或要求单位支付赔偿金，赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。
举例说明：
- 假设员工A医疗期满后，经评估能够胜任原工作，但用人单位提出停薪留职。此时，员工A可以拒绝停薪留职的要求，并要求恢复工作并享受正常的工资和福利待遇。
- 假设员工B医疗期满后，无法胜任原工作，但用人单位未提供另行安排的工作，并直接提出辞退。此时，员工B可以依据法律规定要求用人单位支付经济补偿金，并可以寻求法律帮助维护自己的合法权益。
总结与建议：
医疗期过后，员工应首先评估自己的工作能力，并与用人单位进行充分沟通。如果员工能够胜任工作，则应积极要求恢复工作；如果无法胜任，则应了解用人单位的处理方式是否合法，并据此做出合理的决策。在任何情况下，员工都应了解自己的合法权益，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。