关于“刑事案件超过追诉期限怎么办”的问题，这确实是一个涉及刑事诉讼中追诉时效制度的重要法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、追诉期限的基本概念

追诉期限，简单来说，就是刑法中对犯罪人进行刑事追究的有效时间限制。这个期限是根据犯罪的法定最高刑来设定的，一旦超过这个期限，司法机关原则上就不能再对犯罪人进行刑事追究了。比如，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉期限就是五年；而法定最高刑为无期徒刑或死刑的，追诉期限则是二十年。

二、超过追诉期限的一般处理原则

1. 不予立案或撤销案件：

   • 如果公安机关在立案侦查前发现案件已经过了追诉时效，那么他们通常不会立案受理。
   • 如果在侦查过程中，公安机关或人民检察院发现犯罪已经过了追诉时效期限，他们应当撤销案件。

2. 不起诉：

   • 当案件被移送至人民检察院进行审查起诉时，如果人民检察院发现犯罪已经过了追诉时效期限，他们应当作出不起诉的决定。

3. 终止审理或宣告无罪：

   • 在审判阶段，如果人民法院经审理查明案件已经过了追诉时效期限，他们应当裁定终止审理。
   • 如果在审理过程中，人民法院认定被告人无罪，那么他们应当判决宣告被告人无罪。

三、超过追诉期限的特殊情形处理

虽然一般情况下超过追诉期限就不能再追究刑事责任了，但也有一些特殊情形是不受追诉期限限制的：

1. 逃避侦查或审判：

   • 如果在人民检察院、公安机关、国家安全机关已经立案侦查，或者在人民法院已经受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或审判的，那么追诉期限就不受限制。这意味着，即使过了原本的追诉时效，司法机关仍然可以追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

2. 应立案而未立案：

   • 如果被害人在追诉期限内提出了控告，但是人民法院、人民检察院、公安机关应该立案却没有立案的，那么这种情况也不受追诉期限的限制。这是为了保护被害人的合法权益，防止司法机关的不作为导致犯罪嫌疑人逃避法律制裁。

3. 特定情况下的核准追诉：

   • 对于法定最高刑为无期徒刑、死刑的案件，如果二十年后认为必须追诉的，需要报请最高人民检察院核准。这是针对那些社会危害特别严重或者长期逃避法律制裁的犯罪嫌疑人的一种特殊处理方式。

四、实例说明

以一个具体的例子来说明：假设某人在1990年实施了一起盗窃行为，按照当时的法律规定，法定最高刑为三年有期徒刑。那么，到2000年的时候，这个案件就已经超过了五年的追诉时效期限。如果在这个时候才发现这个盗窃行为，司法机关就应当依法不予立案或者撤销案件。

五、总结与建议

综上所述，刑事案件超过追诉期限后，司法机关原则上将不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任。但是，在特定情况下，如逃避侦查或审判、应立案而未立案等，追诉期限可能不受限制。因此，在处理这类问题时，必须综合考虑追诉时效的法律规定和具体情况。如果您或者您身边的人遇到了类似的问题，我建议您及时咨询专业的律师或者法律机构，以便得到更详细和准确的法律帮助。