针对您提出的“刑事案件超过诉讼时效怎么办”这一问题，我将从以下几个方面为您进行详细、有深度的解答：

一、诉讼时效的基本概念与规定

首先，我们需要明确什么是诉讼时效。在刑事案件中，诉讼时效是指法律规定的对犯罪分子进行刑事追诉的有效期限。一旦超过这个期限，司法机关通常就不能再对犯罪嫌疑人或被告人进行追诉了。这是为了平衡司法公正与社会秩序的维护，确保法律不会无限期地追究一个人的责任。

根据《刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：

1. 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
2. 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
3. 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
4. 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

二、超过诉讼时效后的处理方式

1. 追诉不再进行： 当刑事案件超过诉讼时效后，司法机关就不能再对犯罪嫌疑人或被告人进行追诉了。这是法律规定的时效制度，旨在让社会秩序保持稳定，同时提高司法效率。

2. 罪犯部分合法权益仍受保障： 即便诉讼时效过了，罪犯的其他合法权益还是要被保障的。例如，在民事赔偿方面，如果罪犯的行为给受害人造成了损失，受害人仍然有权要求罪犯进行赔偿。

3. 特殊情况下的重新追诉： 如果犯罪行为在追诉时效过了之后又被发现了，并且符合特定条件（如人民检察院、公安机关、国家安全机关已经立案侦查或者在人民法院受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判的），那么是可以依法重新开始追诉程序的。但这种情况相对较少，且需要严格符合法律规定。

三、对超过诉讼时效案件的深入理解

1. 诉讼时效的立法目的： 诉讼时效的规定旨在平衡司法公正与社会秩序的维护。它确保了法律不会无限期地追究一个人的责任，同时也给了犯罪嫌疑人或被告人一个改过自新的机会。

2. 司法实践中的考量： 在司法实践中，对于超过诉讼时效的案件，司法机关通常会根据案件的具体情况、社会影响以及法律的规定来综合判断是否进行追诉。一般来说，对于轻微刑事案件且已经超过诉讼时效的，司法机关可能会决定不再追诉。

3. 对受害人的影响： 虽然超过诉讼时效后司法机关通常不能进行追诉，但这并不意味着受害人的权益就得不到保障。受害人仍然可以通过民事诉讼等方式来要求罪犯进行赔偿或承担其他民事责任。

综上所述，当刑事案件超过诉讼时效后，司法机关通常就不能再对犯罪嫌疑人或被告人进行追诉了。但罪犯的部分合法权益（如民事赔偿）仍然受保障，且在特殊情况下可能重新追诉。希望这一解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。