当案件超过追诉期限时，处理方式主要依据刑事诉讼中的追诉时效制度。以下是对此问题的详细解答：

一、追诉期限的定义与法律规定

追诉期限，是刑法中对犯罪人进行刑事追究的有效期限。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，追诉期限是根据犯罪的法定最高刑来确定的。例如，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉期限为五年；法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉期限为二十年。若二十年后认为必须追诉，需报请最高人民检察院核准。

二、超过追诉期限的处理原则

1. 一般情况：

   • 公安机关、人民检察院、人民法院在立案审查、起诉或审判阶段，如果发现犯罪已过追诉时效期限，应依法作出不立案、不起诉或终止审理的决定。
   • 检察机关不得再对犯罪嫌疑人提起公诉，法院也不能主动追究其刑事责任，即不能对其定罪判刑。

2. 特殊情况：

   • 逃避侦查或审判：在公、检、法机关立案侦查或受理案件后，如果犯罪嫌疑人逃避侦查或审判，将不受追诉期限的限制。
   • 被害人的控告：被害人在追诉期限内提出控告，而公、检、法机关应当立案而不予立案的，同样不受追诉期限的限制。
   • 最高人民检察院核准：在特定情况下，如社会危害特别严重或长期逃避法律制裁，若认为有必要继续追诉，可以经过最高人民检察院的核准，继续对犯罪嫌疑人进行刑事追究。

三、超过追诉期限后的具体处理方式

1. 立案阶段：公安机关或人民检察院发现案件已超过追诉期限，应依法作出不立案的决定。
2. 审查起诉阶段：检察机关在审查起诉过程中，如果发现案件已超过追诉期限，应依法作出不起诉的决定。
3. 审判阶段：
   • 如果案件已经受理但尚未判决，法院在审理过程中发现已超过追诉期限，应当裁定终止审理。
   • 对于能够确认被告人无罪的，法院应当判决宣告被告人无罪。

四、实例分析

以某盗窃案件为例，如果犯罪嫌疑人在1990年实施了盗窃行为，且该行为按当时法律规定法定最高刑为三年有期徒刑。那么到2000年时，因已超过五年追诉时效期限，若此时才发现该盗窃行为，司法机关应依法不予立案。

综上所述，当案件超过追诉期限时，一般原则是不能再对犯罪嫌疑人进行刑事追究。但在特定情况下，如逃避侦查、审判或经最高人民检察院核准，仍可能对犯罪嫌疑人进行刑事追究。因此，在处理超过追诉期限的案件时，应严格遵循法律规定，并充分考虑案件的具体情况和特殊情形。