农民工在工程项目破产时，工资计算及支付优先受法律保护，具体处理方式如下：

1. 工资计算依据
   农民工工资应按实际完成的工作量或劳动合同约定计算，包括基本工资、加班费、奖金等。若未签订书面合同，可参考行业惯例或实际工作记录（如考勤表、工单等）作为计算依据。若因工程停工导致未足额支付，企业仍需按实际工作天数结算工资，不得以破产为由克扣。

2. 工资支付优先权
   根据《企业破产法》第113条，破产财产在清偿破产费用和共益债务后，第一顺序清偿的是职工工资、医疗伤残补助、抚恤费用及法律规定的补偿金。这意味着农民工工资优先于普通债权（如工程款、材料款）受偿，即使企业资产不足以清偿全部债务，工资部分仍需优先支付。

3. 特殊情形处理

   • 未结清的工资：若企业已拖欠工资，破产管理人需核查工资欠付金额，并列入破产债权申报范围。农民工需在规定期限内向管理人申报债权，提供劳动合同、工资条、欠条等证据。
     
   • 工程款与工资的区分：若包工头或分包商卷款跑路，总承包单位或建设单位可能需承担“垫付责任”（依据《保障农民工工资支付条例》第30条），但垫付后有权向实际欠薪方追偿。
     
   • 社保与经济补偿：除工资外，农民工的社保欠缴部分、经济补偿金（如因破产解除合同）也属于优先清偿范围，但需以企业剩余资产为限。

4. 维权建议

   • 立即申报债权：在破产公告发布后，尽快向管理人提交工资债权申报材料，避免逾期丧失优先权。
     
   • 联合其他工友：集体委托代表或律师参与破产程序，提高维权效率。
     
   • 申请法律援助：若经济困难，可向当地法律援助中心申请免费律师协助。
     

提示：若企业恶意转移资产或隐匿工资记录，可向劳动监察部门举报或直接向法院提起诉讼，追究相关责任人的法律责任。如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询。