针对您提出的“医疗机构取得制剂许可证但未备案生产制剂怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国中医药法》及相关法规，医疗机构在配制中药制剂时，若该制剂品种需要取得制剂批准文号（非仅应用传统工艺配制的），则必须依法取得制剂批准文号；若仅应用传统工艺配制，则需向医疗机构所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门备案后即可配制。这是医疗机构配制中药制剂的基本法律要求。

若医疗机构已取得制剂许可证但未按照规定进行备案而生产制剂，将面临以下法律责任：

1. 责令改正与罚款：

   • 由中医药主管部门和药品监督管理部门按照各自职责分工，责令医疗机构改正其未备案的行为。
   • 没收违法所得，即医疗机构因未备案而生产制剂所获得的全部收入。
   • 并处三万元以下罚款，具体罚款金额根据违法情节的严重程度由相关部门裁定。

2. 社会公告：

   • 相关部门将向社会公告医疗机构未备案生产制剂的相关信息，以警示其他医疗机构和公众。

3. 拒不改正的后果：

   • 如果医疗机构拒不改正其未备案的行为，中医药主管部门和药品监督管理部门将依法责令其停止执业活动或停止配制中药制剂活动。
   • 其直接责任人员（如医疗机构负责人、制剂配制负责人等）五年内不得从事中医药相关活动，这是对其个人职业行为的严厉限制。

4. 特殊情形下的处罚：

   • 如果医疗机构应用传统工艺配制中药制剂未依照规定备案，或者未按照备案材料载明的要求配制中药制剂，将按生产假药给予处罚。这包括没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售药品货值金额二倍以上五倍以下的罚款；有药品批准证明文件的予以撤销，并责令停产、停业整顿；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

实际案例参考：

虽然您提供的参考信息中主要描述了未取得制剂许可证而配制制剂的案例，但类似地，对于已取得制剂许可证但未备案的情况，相关部门也会依据上述法规进行严肃处理。例如，若某医疗机构在取得制剂许可证后，未按照规定向药品监督管理部门备案即开始生产制剂，一旦被发现，将面临上述的法律责任和处罚。

总结与建议：

医疗机构在配制中药制剂时，必须严格遵守相关法律法规，确保所有制剂品种都按照规定进行备案或取得制剂批准文号。同时，医疗机构应加强内部管理，提高法律意识，避免因未备案或违规配制而面临严重的法律后果。如果您或您所在的医疗机构在配制中药制剂过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业的法律人士或相关部门以获取准确的法律指导和帮助。