针对“没有医疗机构制剂证怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细、清晰的解答：
首先，我们需要明确的是，医疗机构配制制剂必须经省级药品监管部门批准，并取得医疗机构制剂许可证。这是法律对医疗机构配制制剂的明确要求，涉及人员、原辅料、工艺、设备、环境等多个方面均有严格的标准。如果医疗机构未取得医疗机构制剂许可证就擅自配制制剂，那么将面临相应的法律处罚。
根据《中华人民共和国药品管理法》及相关法律法规的规定，对于未取得医疗机构制剂许可证配制制剂的行为，处罚措施通常包括以下几个方面：
没收违法产品：执法部门会现场查扣并没收无证配制的制剂产品，以防止其继续流通和使用。
没收违法所得：医疗机构因无证配制制剂所获得的收入，包括销售所得等，都将被执法部门没收。
罚款：根据违法行为的严重程度和情节，执法部门会对医疗机构处以一定数额的罚款。罚款金额通常根据法律规定和具体情况而定，可能较高，以起到震慑作用。
其他行政处罚：除了上述措施外，执法部门还可能根据具体情况对医疗机构采取其他行政处罚措施，如责令停业整顿、吊销相关证照等。
以您提供的南京某中医门诊有限公司为例，该公司在未取得医疗机构制剂许可证的情况下擅自配制中药制剂“鼻炎膏”，最终被南京市秦淮区市场监管局处以没收涉案“鼻炎膏”、没收违法所得6282元、罚款50000元的行政处罚。这一案例充分说明了未取得医疗机构制剂许可证配制制剂的严重后果。
因此，建议所有医疗机构务必严格遵守相关法律法规，确保在取得医疗机构制剂许可证后再进行制剂配制活动。同时，也建议相关部门加强监管力度，对无证配制制剂的行为进行严厉打击，以保障公众用药安全和合法权益。