针对您提出的“未取得医疗机构制剂注册证书怎么处罚”的问题，这实际上涉及的是医疗机构制剂管理方面的法律法规。虽然您提供的参考信息主要围绕医疗器械的注册与处罚，但我们可以根据类似的管理逻辑和法规原则，来详细解答关于医疗机构制剂注册证书缺失的处罚情况。
结论前置：未取得医疗机构制剂注册证书而生产、配制或使用医疗机构制剂，将依据相关法律法规面临严格的法律责任，包括罚款、没收违法所得与制剂、停产停业整顿，乃至追究刑事责任。
详细分析：
生产/配制环节：
- 若医疗机构未取得制剂注册证书而擅自生产或配制制剂，首先会被没收违法所得、违法生产的制剂以及用于违法生产的工具、设备、原材料等。
- 罚款方面，根据违法情节的轻重，可能会面临货值金额一定倍数的罚款，具体倍数依据相关法律法规确定，通常货值金额不足一定数额的，会设定一个最低罚款额度，货值金额超过的，则按倍数罚款。
- 情节严重时，医疗机构可能会被责令停产停业整顿，甚至吊销其医疗机构执业许可证或相关制剂生产/配制许可。
- 对直接负责的主管人员和其他责任人员，也可能会面临没收收入、罚款以及一定期限内禁止从事相关活动的处罚。
使用环节：
- 若医疗机构使用未取得注册证书的制剂，同样会被责令改正，没收违法使用的制剂和违法所得。
- 罚款措施与生产/配制环节类似，根据货值金额设定罚款额度。
- 情节严重时，医疗机构可能会被暂停相关制剂的使用活动，直至吊销执业许可证。
- 对相关责任人员，也会依法给予相应的处分。
刑事责任：
- 若未取得医疗机构制剂注册证书的行为构成犯罪，如生产、销售假药或劣药等，将依法追究刑事责任，这可能包括有期徒刑、罚金等严厉处罚。
综合建议：
鉴于未取得医疗机构制剂注册证书所面临的严厉法律后果，我强烈建议所有医疗机构在涉及制剂的生产、配制和使用时，必须确保已经取得了合法的制剂注册证书。这不仅是为了避免可能的法律风险和经济损失，更是为了保障患者的健康和安全。同时，医疗机构应加强对相关法律法规的学习和理解，确保自身行为的合规性，并定期进行内部自查，及时发现并纠正可能存在的问题。