针对您提出的“医疗机构配制未经备案的中药制剂如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规和公告内容，为您提供的详细解答：
一、明确结论
医疗机构配制未经备案的中药制剂，属于违法行为，将依法面临相应的处罚措施。
二、法律依据
这一处罚依据主要来源于《中华人民共和国中医药法》和《中华人民共和国药品管理法》，以及相关公告对传统中药制剂备案管理的详细规定。这些法律法规明确要求医疗机构在配制传统中药制剂时，必须进行备案，并确保制剂的科学性、合理性和必要性，同时负责其质量和安全。
三、处罚措施详解
责令限期改正：
- 药品监督管理部门在发现医疗机构配制未经备案的中药制剂后，会首先要求该机构在规定期限内完成备案手续，以使其行为合法化。
没收违法所得与物品：
- 若医疗机构在未备案期间通过销售该中药制剂获得了违法所得，这些收入将被依法没收。
- 同时，未备案的中药制剂产品、用于违法配制的工具、设备、原材料等物品也将被依法没收。
罚款：
- 罚款的具体金额会根据违法行为的严重程度和货值金额来确定。一般来说，如果货值金额不足1万元，可能会面临1万元以上3万元以下的罚款；如果货值金额1万元以上，则可能面临货值金额3倍以上10倍以下的罚款。
- 若医疗机构在责令限期改正后仍未改正，或者违法行为情节严重，罚款金额可能会进一步增加，甚至可能面临更严厉的处罚，如吊销相关许可证等。
四、重要提示
- 医疗机构应严格遵守相关法律法规和公告要求，确保在配制传统中药制剂前完成备案手续，以避免法律风险。
- 若医疗机构对备案流程或要求有疑问，建议及时咨询当地药品监督管理部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。
- 药品监督管理部门将加强对医疗机构配制中药制剂的监管力度，确保公众用药安全。
综上所述，医疗机构配制未经备案的中药制剂将面临责令限期改正、没收违法所得与物品以及罚款等处罚措施。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规和公告要求，确保合法合规地配制和使用中药制剂。