针对您提出的“医疗机构应用传统工艺配制中药制剂未备案如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及公告内容，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国中医药法》和《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，以及相关公告对传统中药制剂的备案管理要求，医疗机构在应用传统工艺配制中药制剂时，必须进行备案管理。这是确保中药制剂科学性、合理性和必要性的重要措施，也是保障患者用药安全的有效手段。

对于未按照规定进行备案的医疗机构，相关法律法规及公告中明确规定了相应的处罚措施。具体来说，如果医疗机构未取得相应许可证或未按照规定进行备案而擅自配制传统中药制剂，那么该行为将可能被视为违法行为，并会受到相应的行政处罚。这些处罚可能包括但不限于：警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业整顿，甚至吊销相关许可证等。

此外，除了行政处罚外，医疗机构还可能面临其他方面的负面影响。例如，其声誉和信誉可能会受到损害，导致患者对其信任度降低；同时，还可能引发法律纠纷和赔偿责任，给医疗机构带来不必要的经济损失和法律风险。

因此，我强烈建议医疗机构在应用传统工艺配制中药制剂时，务必严格遵守相关法律法规和公告要求，及时进行备案管理。这不仅是履行法律义务的表现，更是保障患者用药安全、维护医疗机构声誉和信誉的重要举措。

如果您在备案过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助和指导，请随时联系我们或相关监管部门，我们将竭诚为您提供支持和协助。