针对您提出的问题，即“在工作期间员工发生疾病住院，公司不批那么长时间假该怎么处理”，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，是享有医疗期的。医疗期的长短与员工的实际工作年限和在本单位的工作年限有关，具体规定如下：
接下来，关于您提到的公司不批长时间假的问题，这里有几个关键点需要注意：
请假手续与材料：员工在请病假时，需要按照公司的规定提交有效的请假材料，如医疗机构或指定医院开具的疾病诊断证明、病假单等。这些材料是证明员工确实需要医疗期休息的重要依据。如果员工未能提供这些材料，公司有权拒绝批准病假。
沟通与协商：如果员工确实需要较长时间的医疗期，但公司一开始未批准，员工应与公司进行积极的沟通和协商。可以解释自己的病情和医生的建议，同时了解公司的具体规定和流程，看是否有其他解决方案或折中办法。
法律途径：如果员工认为公司拒绝批准病假的行为违反了相关法律法规或劳动合同中的约定，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，可以向劳动仲裁机构申请仲裁，或者向法院提起诉讼。但在此之前，员工应确保自己已经履行了请假手续，并提供了有效的请假材料。
公司规章制度：同时，员工也需要了解并遵守公司的规章制度。如果公司有明确的病假流程和规定，员工应按照这些规定来操作。如果员工违反了公司的规章制度，公司有权根据规定进行处理。
结合您提供的案例，我们可以看到，如果员工未能按照公司规定提交有效的请假材料，并且未履行告知义务，公司有权解除劳动合同。因此，员工在请病假时，一定要确保自己已经履行了所有必要的程序和义务。
综上所述，如果员工在工作期间发生疾病住院需要较长时间的医疗期，应首先了解自己的医疗期权益和公司的病假规定，然后按照规定提交有效的请假材料并履行请假手续。如果公司拒绝批准病假，员工可以与公司进行沟通和协商，或者通过法律途径来维护自己的权益。