当公司员工生病住院长时间不上班时，这是一个涉及员工权益保障和公司运营管理的复杂问题。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、员工权益保障
病假申请与医疗期：
- 员工应尽快向公司申请病假，并提供医院的诊断证明、住院通知书等相关材料。
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工享有法定的医疗期，医疗期的时长根据员工的工作年限和在本单位的工作年限来确定，最长可达24个月。
病假工资与福利待遇：
- 在医疗期内，公司应支付员工病假工资，通常不低于当地最低工资标准的80%。
- 员工的福利待遇，如社会保险、住房公积金等，应继续缴纳，确保员工的医疗和养老等权益不受影响。
劳动能力鉴定与岗位调整：
- 如果员工病情可能影响劳动能力，可以向当地劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。
- 根据鉴定结果和公司政策，公司应合理调整员工的工作岗位或给予相应的休假安排。
二、公司运营管理
核实请假信息与工作交接：
- 公司应核实员工的请假信息，要求员工提供医院的相关证明材料。
- 及时安排其他员工临时接替生病员工的工作，确保公司业务正常运行。
- 组织工作交接会议，明确交接内容和要求，确保工作无缝衔接。
医疗期结束后的安排：
- 医疗期结束后，公司应评估员工是否能从事原工作。若能，则恢复原岗位工作；若不能，考虑调整岗位，岗位调整应具有关联性、可行性，并原则上保持薪资不变。
- 如果员工在医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事另行安排的工作，公司可以按照法定程序解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资，并支付相应的经济补偿。
三、沟通与协商
- 重要性：在整个过程中，员工与公司应保持良好的沟通，共同协商寻求最合理的解决办法。
- 具体做法：
- 员工应及时向公司提供医疗证明，说明病情及需要休息的时间。
- 公司应根据医疗证明和实际情况，合理安排员工的工作岗位或给予相应的休假。
- 双方应定期跟踪了解病情和治疗进展，及时调整工作安排或休假计划。
四、注意事项
- 法律法规遵守：公司应严格遵守相关法律法规，确保处理过程合法合规，避免引发不必要的法律纠纷。
- 病假证明要求：员工请病假需提供由公司指定的正规医院出具的病假证明，包括病情诊断书和病假建议书。
- 经济补偿计算：如果公司需要支付经济补偿，应根据员工在公司的工作年限和工资水平来确定具体金额。
综上所述，当公司员工生病住院长时间不上班时，双方应依法依规处理相关事宜，确保员工权益得到保障的同时，也维护公司的正常运营秩序。通过积极沟通协商，共同寻求最合理的解决方案。