结论：单位自己定制的制度中规定请事假超过3天就扣除整月的绩效工资和岗贴，这一规定是否合法，需结合具体情况判断，但一般情况下，这种规定可能因缺乏合理性和合法性依据而面临被认定为无效的风险。
分析说明：
从规章制度制定的合法性角度：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若单位未遵循上述民主程序制定该制度，或者制度内容未公示、未告知劳动者，则该制度可能因程序违法而不被认可，进而其中关于扣除绩效工资和岗贴的规定也可能无效。
从规章制度内容的合理性角度：
- 即便制度经过了民主程序制定并公示，其内容也需合理。扣除整月的绩效工资和岗贴作为对请事假超过3天的处罚，可能显得过于严苛，缺乏合理性。
- 合理的规章制度应考虑到劳动者的实际情况，如请假的必要性、请假时长对工作的影响等，并据此设定合理的处罚措施。
从劳动法的保护原则角度：
- 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，避免用人单位滥用权力。扣除整月绩效工资和岗贴的做法，可能构成对劳动者劳动报酬的过度剥夺，违反了劳动法的保护原则。
法律建议：
对于劳动者：
- 若遇到此类情况，首先应查看单位的规章制度是否经过了民主程序制定并公示。
- 若制度程序违法或内容不合理，可向单位提出异议，要求修改或撤销该规定。
- 若单位拒绝修改或撤销，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 在制定规章制度时，应严格遵守民主程序，确保制度内容的合法性和合理性。
- 考虑劳动者的实际情况，设定合理的处罚措施，避免过度剥夺劳动者的劳动报酬。
- 定期对规章制度进行审查和更新，确保其符合法律法规的要求和劳动市场的变化。
可能后果：
- 若单位规章制度被认定为无效，则其中关于扣除绩效工资和岗贴的规定也将无效，单位需补发被扣除的工资和岗贴。
- 若单位因此与劳动者发生劳动争议，可能面临劳动仲裁或诉讼的风险，增加单位的法律成本和声誉损失。
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