结论：单位因员工不遵守劳动纪律进行罚款是否合法及应对措施需分情况讨论，具体如下：

1. 单位罚款的合法性分析
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位无权直接对员工进行罚款，除非满足以下条件：
   
   • 规章制度合法：罚款依据的规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论），且内容不违反法律、行政法规及政策规定；
     
   • 公示或告知员工：规章制度需向员工公示或送达，确保员工知悉；
     
   • 罚款金额合理：罚款数额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
     

若单位未满足上述条件，罚款行为可能被认定为违法，员工有权拒绝缴纳或要求返还。

1. 员工应对措施

   • 核实罚款依据：要求单位出示书面规章制度及罚款决定，确认是否符合法定程序；
     
   • 协商沟通：与单位人事或上级沟通，说明罚款可能存在的违法性，争取撤销或减少罚款；
     
   • 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线），由劳动部门责令单位改正；
     
   • 申请仲裁：若罚款已实际扣除，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求返还罚款并赔偿损失。

2. 特殊情形说明

   • 因员工过错造成经济损失：单位可要求员工赔偿，但需证明损失与员工行为存在直接因果关系，且赔偿金额需合理（通常不超过月工资的20%）；
     
   • 严重违纪解除合同：若员工行为构成严重违反规章制度（如盗窃、旷工等），单位可依据《劳动合同法》第39条解除合同，但无需通过罚款方式处理。

建议：若单位罚款行为涉嫌违法，建议优先通过协商或投诉解决，以降低维权成本。如需进一步分析具体证据或程序，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。