针对您提出的“员工违纪不扣款怎么惩罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

公司在管理员工时，确实不能随意扣款作为处罚手段，而应依据法律法规，采取合法、合理且人性化的方式来对员工的违规行为进行管理和规范。以下是一些具体的处罚方式：

一、制定明确的规章制度

公司应依法通过民主程序制定完善、明确且合理的员工手册或规章制度。这些规章制度应详细列明各类违规行为及其对应的处理措施，如迟到、早退、旷工、工作态度不端正、违反操作流程等，每种违规行为都应有明确的界定和相应的处罚标准。同时，规章制度需向员工公示或组织培训学习，确保员工充分知晓并理解其内容，这是后续处罚的合法依据。

二、谈话与警告

对于情节较轻的违规行为，公司可以通过谈话方式及时给予员工口头警告。在谈话中，应明确指出员工的错误行为及其可能带来的后果，并鼓励员工及时改正。若违规行为较为明显或多次出现轻微违规，公司可以发出书面警告，并记录在员工个人档案中，作为后续处理的依据。书面警告应明确违规事实、处罚依据和改进要求，以增强其严肃性和警示作用。

三、绩效扣分与绩效奖金调整

公司可以将员工日常表现与绩效考核体系挂钩，对违规行为进行绩效扣分。例如，对于迟到、早退等轻微违规行为，可以在绩效考核中扣除相应的分数。基于绩效扣分结果，公司可以相应调整员工的绩效奖金数额。这种方式既体现了对违规行为的处罚，又激励了员工积极改进，提高工作表现。

四、培训与辅导

针对员工的违规行为，公司可以安排特定培训课程或辅导项目。这些培训或辅导可以针对员工的违规行为进行具体分析，帮助员工提升能力、纠正错误，并表明公司对其改进的期望。通过培训与辅导，公司不仅可以帮助员工认识到自己的错误，还可以提升员工的整体素质和工作能力。

五、调岗或降职

对于多次违反公司规定且情节严重的员工，在有充分证据和符合法律规定的情况下，公司可以考虑进行调岗或降职处理。调岗应基于员工能力和公司需要，确保员工能够在新岗位上发挥更大的作用。降职则伴随职级和薪资待遇的下降，因此需谨慎操作并确保遵循法定程序。在调岗或降职前，公司应与员工进行充分沟通，解释原因和依据，并听取员工的意见和反馈。

六、解除劳动合同

对于严重违反公司规章制度或劳动合同的员工，公司有权依法解除劳动合同。在解除合同前，公司应确保有充分证据支持其决定，并严格遵循法定程序。例如，公司应提前通知员工解除合同的原因和依据，并听取员工的申辩和意见。在解除合同后，公司还应按照法律法规要求支付相应的经济补偿。

注意事项

在处罚员工时，公司应确保规章制度的合法性，内容必须符合国家法律法规和政策要求。同时，公司应尊重员工的合法权益，避免采取过激或违法手段。员工有权对处罚决定提出异议，并可通过法律途径解决争议。此外，公司还应建立与员工之间的有效沟通机制，及时了解员工需求和反馈，避免误解和冲突，促进和谐劳动关系。

综上所述，公司在处理员工违规行为时，应遵循法律法规要求，采取合法、合理且人性化的处罚方式。这不仅有助于维护公司正常运营和秩序，还能促进公司与员工之间的和谐关系，实现双赢局面。