工伤赔偿协议中约定发生争议直接向用人单位所在地法院起诉，该约定通常是有效的。以下从不同角度进行分析：
法律背景与依据
协议管辖原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 工伤赔偿协议，虽然涉及人身损害赔偿，但在性质上仍属于一种合同关系，因此当事人可以协议约定管辖法院。
不违反级别管辖和专属管辖：
- 工伤赔偿纠纷并不属于法律规定的专属管辖范畴，也不涉及级别管辖的问题。
- 因此，双方约定由用人单位所在地法院管辖，并不违反法律的强制性规定。
约定有效的条件
双方自愿：
- 工伤赔偿协议中的管辖约定必须是双方自愿达成的，不存在欺诈、胁迫等情形。
明确具体：
- 管辖约定应当明确具体，即明确约定由哪个法院管辖，避免使用模糊或不确定的表述。
不损害第三方利益：
- 管辖约定不得损害国家、集体或第三人的利益，否则可能因违反公序良俗而无效。
可能的法律后果与建议
约定有效时的处理：
- 如果工伤赔偿协议中的管辖约定有效，那么在发生争议时，双方应当按照约定向用人单位所在地法院提起诉讼。
约定无效或未约定时的处理：
- 如果管辖约定无效或未约定管辖法院，那么根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，原告可以向被告住所地或者合同履行地人民法院提起诉讼。在工伤赔偿纠纷中，被告通常是用人单位，因此原告可以向用人单位所在地或者工伤事故发生地的人民法院提起诉讼。
建议：
- 在签订工伤赔偿协议时，双方应当明确约定管辖法院，以避免后续争议。
- 如果对管辖约定有疑问或不确定其有效性，建议咨询专业律师进行审查。
总结来说，工伤赔偿协议中约定发生争议直接向用人单位所在地法院起诉，在双方自愿、约定明确具体且不损害第三方利益的情况下，该约定是有效的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。