公司与员工就工伤赔偿事宜直接达成的赔偿协议，如果公司不履行，一般情况下不能直接向法院起诉，而需要先经过劳动争议仲裁程序，但在特定情形下，可直接起诉或申请强制执行。以下是对此问题的详细分析：
一、需先仲裁后起诉的情况
适用情形：
- 工伤赔偿协议纠纷本质上属于劳动争议。若该协议是双方自行协商达成的，则属于劳动争议范畴。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，劳动争议发生后，当事人应先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，才可以向人民法院提起诉讼。
处理流程：
- 一方不履行工伤赔偿协议时，另一方应先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。若对仲裁结果不满意，再向法院提起诉讼。
二、可直接申请强制执行的情况
适用情形：
- 若工伤赔偿协议是在劳动争议仲裁机构或人民法院主持下达成的调解协议，且已经过仲裁调解书或民事调解书的形式予以确认，则该调解书具有法律效力。
法律依据：
- 调解书一旦生效，即具有法律约束力。一方不履行时，另一方可以直接向有管辖权的人民法院申请强制执行。
处理流程：
- 持有效的仲裁调解书或民事调解书，向有管辖权的人民法院申请强制执行。
三、可直接起诉的特殊情形
适用情形：
- 若工伤赔偿协议存在《中华人民共和国民法典》规定的合同无效或可撤销情形，如欺诈、胁迫、乘人之危导致协议订立，或协议内容显失公平等。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》相关规定，遭受损害方可以直接向人民法院提起民事诉讼，请求确认协议无效或撤销该协议，并要求按照实际应赔偿的标准进行赔偿。
处理流程：
- 直接向人民法院提起民事诉讼，请求确认协议无效或撤销，并要求相应赔偿。
四、其他例外情况
因拖欠工伤医疗费达成调解协议：
- 用人单位在协议约定的履行期限内不履行的，劳动者可以持调解书直接向人民法院申请支付令。
经调解达成的赔偿协议被法院确认有效：
法律建议
在处理不履行工伤赔偿协议的问题时，建议您根据具体情况选择合适的法律途径。若协议是自行协商达成的，一般应先经过劳动争议仲裁程序；若协议已经过仲裁机构或法院确认，或存在特殊无效情形，则可直接起诉或申请强制执行。如果您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。