关于大四辅导员让签的工作证明是否放档案以及是否合法的问题，这主要涉及到高校毕业生档案的管理和转递规定。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，高校毕业生的档案是个人成长发展的证明材料，包含了毕业生登记表、成绩单、党团组织关系、奖惩记录等重要信息，是用人单位进行人事管理和人事服务的重要依据。因此，档案的管理和转递必须遵循严格的规定和流程。

针对您提出的问题，工作证明是否应该放入档案，这并没有一个绝对的答案，因为它取决于具体的情况和档案接收单位的要求。一般来说，如果工作证明是反映您就业经历或工作表现的重要材料，且档案接收单位有明确要求需要提供此类材料，那么您可以将工作证明放入档案。然而，如果档案接收单位没有明确要求，或者工作证明与您的档案内容关联不大，那么您可能不需要将其放入档案。

至于辅导员让签工作证明并放入档案是否合法，这主要取决于辅导员的行为是否符合相关规定和流程。根据人力资源社会保障部办公厅和教育部办公厅发布的通知，高校毕业生的档案转递和接收必须遵循规范的工作流程，包括准确填报档案转往单位信息、认真填写档案转递单、按规定通过机要通信或邮政特快专递渠道转出档案等。如果辅导员在要求您签工作证明并放入档案的过程中，遵循了这些规定和流程，且没有违反任何法律法规，那么这种行为就是合法的。

但是，如果您发现辅导员的行为存在违规或不当之处，比如强迫您签不真实的工作证明、未经您同意擅自将工作证明放入档案等，那么您有权向相关部门进行投诉或举报。

总的来说，对于工作证明是否应该放入档案以及辅导员的行为是否合法的问题，建议您先了解清楚档案接收单位的要求和相关规定，再与辅导员进行沟通确认。如果存在任何疑问或担忧，您可以咨询学校就业指导中心或当地人力资源社会保障部门的相关工作人员，以获取更准确和专业的解答。