结论：公司公章、合同章、法人章由同一人保管并不妥当，这种做法存在较大的法律风险和管理隐患。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律风险层面
法律未强制禁止但存在潜在风险：
- 法律并未明确规定公司公章、合同章、法人章不能由同一人保管，但从企业内部控制与风险管理的角度出发，这种做法存在显著风险。
- 若三枚印章由同一人保管，该人员可能未经授权即以公司名义签署合同、协议等，导致公司内部舞弊、虚构交易、对外担保等法律风险和经济损失。例如，保管人可能利用职务之便，私自签订虚假合同，加盖公司公章和法人章，从而给公司带来重大经济损失。
实际案例警示：
- 在司法实践中，存在多起因印章管理不善导致的法律纠纷。例如，某公司印章管理员滥用职权，私自签订虚假借款合同并加盖公司印章和法人章，最终导致公司承担重大经济损失。
- 这些案例警示我们，必须重视印章管理的规范性，避免类似风险的发生。
二、内部控制与制衡原则层面
分离与制衡的重要性：
- 有效的内部控制要求对企业关键环节和重要权限进行分离和制衡。分开保管公司公章、合同章、法人章是实现这种制衡的重要措施。
- 若三枚印章由同一人保管，则破坏了这种制衡机制，使得该人员拥有过大的权力，容易引发内部腐败和舞弊行为。
专人专岗保管的优越性：
- 对于规模较大或印章使用频繁的公司，可以考虑设立专门的印章管理岗位，选拔责任心强、忠诚度高的员工担任印章保管人。
- 专人专岗的模式有利于明确责任，加强对印章使用的监管和控制，降低潜在风险。
三、实际操作与建议层面
分开保管印章：
- 建议公司将公章、合同章、法人章分别交由不同人员保管，以降低风险。例如，公章可以由公司的高级管理层如董事长或总经理保管；合同章可以由法务部门或合同管理部门保管；法人章则由法定代表人本人保管或授权委托的可靠人员保管。
建立完善的印章管理制度：
- 公司应制定完善的印章管理制度，明确各类印章的保管责任人和使用权限。例如，规定印章的使用需经过相应的审批流程，使用后需及时进行登记备案等。
- 同时，公司应建立责任追究机制，对违规使用印章或造成印章丢失、被盗等后果的责任人进行严肃处理。
加强监督与检查：
- 公司应加强对印章使用过程的监督和管理，确保印章的使用符合公司的意志和法律法规的要求。例如，可以定期对印章使用情况进行审计和检查，及时发现并纠正存在的问题。
特殊情况下的应对措施：
- 对于企业规模极小、人员有限等特殊情况，可能存在公章、合同章、法人章由一人保管的无奈选择。在这种情况下，企业应通过加强内部控制来弥补管理上的不足，如制定严格的用章审批流程、定期对印章使用情况进行审计等。
总结与建议：公司公章、合同章、法人章由同一人保管并不妥当，这种做法存在较大的法律风险和管理隐患。为了保障公司的法律安全和经济利益，建议公司将这三枚印章分别交由不同人员保管，并建立完善的印章管理制度和内部控制机制。若您在公司印章管理方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。