工厂在没订单时经常给员工调休，且不给补助每天还扣90块钱的做法，一般是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：
一、调休的合法性
工厂在没订单时安排员工调休，本身并不违法。根据《劳动法》的相关规定，用人单位因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在综合计算工时工作制下，如果在一个综合计算周期内，员工的总工作时间未超过法定标准工作时间，那么调休是合法的。但关键在于，调休应当遵循公平、合理的原则，且不能损害员工的合法权益。
二、扣减工资的合法性
调休期间工资支付：
- 如果员工在调休期间实际上并未提供劳动，且调休是出于工厂生产安排的需要，那么工厂应当按照员工正常出勤时的工资标准支付调休期间的工资。工厂不得因调休而扣减员工的工资。
扣减工资的限制：
- 根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意扣减员工的工资。除非员工存在违反规章制度、造成经济损失等法定情形，且扣减的工资数额不得超过员工当月工资的20%，且扣减后员工的工资不得低于当地最低工资标准。
- 在你描述的情况下，工厂每天扣减90块钱，这很可能超过了法定扣减比例，且未说明扣减的具体原因和依据，因此这种做法是不合法的。
三、员工的权益保护
与工厂协商：
- 你可以首先尝试与工厂进行协商，明确表达你的诉求和关切，要求工厂停止不合理的扣减工资行为，并按照法律规定支付调休期间的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对工厂的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁：
- 你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求工厂支付被扣减的工资、加班费等费用，并可能要求工厂支付经济补偿金等。
四、建议与提醒
- 保留证据：在与工厂协商或投诉、仲裁过程中，务必保留好相关证据，如工资条、调休通知、与工厂的沟通记录等，以便证明你的诉求和关切。
- 了解法律：建议你进一步了解《劳动法》、《工资支付暂行规定》等相关法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。
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